由于 PS 外化同样存在于失去膜完整性的凋亡晚期细胞和坏死细胞,所以在对凋亡细胞进行流式细胞术分析时,同时应用只对失去膜完整性的细胞染色的活体染料,如碘化丙锭(PI),以区分早期凋亡细胞和凋亡晚期细胞及坏死细胞。细胞发生凋亡时,膜上的 PS 外露早于 DNA 断裂发生,因此膜联蛋白 V 联合 PI 染色法检测早期细胞凋亡较 TUNEL 法更为灵敏。又因为膜联蛋白 V 联合 PI 染色不需固定细胞,
流式细胞仪同步分析 DNA 和 RNA 分析提供了细胞的 DNA 含量和细胞转录状态的信息。这一分析方法可以通过利用与 DNA 结合的异染荧光物质以及由静电作用与单链 RNA 结合的异染荧光物质来检测 DNA 以及 RNA。分析的首要条件就是细胞的活性,所以应该使用新鲜处理的细胞。利用流式细胞仪同时分析 DNA/RNA 技术原先是被用于包括多发性骨髓瘤在内的血液恶性肿瘤的分类及生物学鉴定。