RNA 实验

转录后基因沉默机制（post-transcriptional gene silencing，PTGS）被称为RNA干扰（RNAi），与mRNA对应的正义RNA和反义RNA组成的双链 RNA（dsRNA）导入细胞，可以使mRNA发生特异性的降解，导致其相应的基因沉默。目前为止较为常用的制备 siRNA的方法有化学合成、体外转录、长片段dsR-NA经RNA酶I类降解（如Dicer，E.coli的RNA

RNA的提取通过变性剂破碎细胞或者组织，然后经过氯仿等有机溶剂抽提RNA，再经过沉淀，洗涤，晾干，最后溶解。但是由于RNA酶无处不在，随时可能将RNA降解，所以实验中有很多地方需要注意，稍有疏忽就会前功尽弃。

印迹杂交是指将待测核酸片段结合到一定的固相支持物上，然后与存在于液相中的标记探针进行杂交的过程。Northern 印迹技术（Northern blot）是分析 RNA 的一种方法，因与 Southern 印迹技术对应而被趣称为此。该技术可定量分析某一特异基因转录的强度，根据其迁移的位置也可判断基因转录产物的大小。该技术常用于基因表达调控、基因结构与功能、遗传变异及病理研究。

核酸分子杂交（nucleic acid hybridization）技术是分子生物学领域中最常用的基本技术方法之一。核酸分子杂交依据被分析样品的性质不同可以分为液相杂交与固相杂交两种。液相杂交中参加反应的两条核酸单链都游离在液体中，属于液相杂交的有核酸酶 S1 保护分析、RNA 酶保护分析、引物延伸分析等方法。

大肠杆菌中异源性的 RNA-BP 与靶 RNA 的结合会抑制靶基因的翻译。此方法已成功地应用于包括 HIV Rcv 蛋白和核仁素（nucleolin）在内的多种 RNA-BP 的研究中。

基于补骨脂素光化学反应的 RNA-蛋白分子复合物分析法，能够在数据相对缺乏的情况下分析生理条件下的 RNA-蛋白复合物的拓扑构象。本实验来源「RNA 实验指导手册」主编：郑晓飞。

一种通过筛选重组 cDNA 文库研究多肽与 RNA 相互作用的细菌抗转录终止检测系统。本实验来源「RNA 实验指导手册」主编：郑晓飞。

设计短发夹RNA

总RNA提取可以：（1）获得高纯度、高质量的总RNA；（2）可以满足生物学下游实验Northern Blot、核酸酶保护实验、RT-PCR、qRT-PCR 和阵列分析所需。

研究基因的表达和调控时常常要从组织和细胞中分离和纯化RNA。TRIzol RNA提取方法：（1）操作简单的，提取方便，回收率高； （2）提取的RNA的质量高，对cDNA库，RT-PCR和Northern Blot等分子生物学实验起着很重要的影响。

噬菌体展示技术是将外源基因与噬菌体的表面蛋白基因融合，在融合了外源基因的噬菌体颗粒的表面就会表达相应的外源蛋白，即外源基因编码的蛋白被展示在噬菌体颗粒的表面。本实验来源「RNA 实验指导手册」主编：郑晓飞。

凝胶阻滞实验（gel reiardadon assay，又称为 mobthty shift assay）方法简单、灵敏，可以定量的特性使它在研究转录和基因调控中广泛的应用。目前通常用于 RNA ( 或 DNA ) 结合蛋白的纯化，确定一种已知或可能的 RNA 结合蛋白所识别的序列，建立反应常数（如亲和常数和解离常数）等。在本实验来源「RNA 实验指导手册」主编：郑晓飞。

转录的时空分布（如胚胎发生过程中）情况可以为研究编码基因产物的功能及与其他基因之间可能的相互作用提供重要的线索。来源：《精编分子生物学实验指南》第五版

过去几十年中，利用所谓的生物标记物来监测环境样本中的微生物菌群的分子微生物 生 态 学（molecular microbial ecology) 得到了快速的发展。许多分子可以作为生物标记物，包括细胞壁成分、蛋白质、脂类、 D N A 或 RNA。尤其是核糖体 RN A(rRNA )小亚基和相应基因的应用在微生物生态学的发展中发挥了重要的作用。目前已经建立了几种应用于环境样本中的微生物群落的指纹特

差异显示聚合酶链反应（PCR) 可促进在诸多物种中与污染暴露相关的新分子标志物的鉴定。至今，已有多种差异显示方法被详细描述。这里，我们描述了一种改良的RNA 随机引物触发的 PCR 方 法（RNAarbitrarily primed PCR， RAP-PCR) , 主要涉及通过 罗 丹 明（rhodamine) 标 记 的 18 碱基的随机引物对 cDNA 转录物进行荧光标记 。这些随机引物特异结

RNA 实验技术手册（分子克隆-实验指南系列）

RNA 实验技术手册（分子克隆-实验指南系列）

RNA 实验技术手册（分子克隆-实验指南系列）

利用硝酸纤维素滤膜结合可以测定蛋白与 DNA、RNA 间的结合，该方法的基础在于大多数蛋白可以与硝酸纤维素滤膜结合，如果蛋白质和核酸结合，那么该复合物也可以与硝酸纤维素滤膜结合，但是这种结合必须能够承受过滤压力，并且蛋白质在结合到硝酸纤维素滤膜上时还能够保持与核酸的结合。在本实验来源「RNA 实验指导手册」主编：郑晓飞。

RNA 足迹和修饰干扰分析（RNA footprinting and modification interference analysis）是用来研究 RNA 与蛋白质相互作用的技术。RNA 测序及其结构分析的原理是 RNA 足迹试验的理论基础，它们都是建立在变性、半变性或自然条件下采用碱基特异性 的试剂来切割用放射性同位素标记了末端的 RNA 的方法之上。本实验来源「RNA 实验指导手册」主编：