16S RNA 靶向变性梯度凝胶电泳指纹图谱分析微生物菌群实

过去几十年中，利用所谓的生物标记物来监测环境样本中的微生物菌群的分子微生物 生 态 学（molecular microbial ecology) 得到了快速的发展。许多分子可以作为生物标记物，包括细胞壁成分、蛋白质、脂类、 D N A 或 RNA。尤其是核糖体 RN A(rRNA )小亚基和相应基因的应用在微生物生态学的发展中发挥了重要的作用。目前已经建立了几种应用于环境样本中的微生物群落的指纹特征分析方法。其中最常用的方法是 PCR扩 增 片 段 的 变 性 梯 度 凝 胶 电 泳（denaturing gradient gel electrophoresis, DGGE)。DGGE 可以根据序列将相同长度的 D N A 片段混合物分开。分离的原理是基于 D N A 片
段在含有梯度变性化学物（通常是尿素和甲酰胺的混合）配置的聚丙烯酰胺凝胶中的序列特异性融点不同实现的。 D G G E 能对微生物群落进行快速的分析和比较。利用DGGE 可使组成的多样性一目了然，其中每一条带原则上代表一种细菌系群。染色后，在凝胶中 D N A 分子停止迁移的位置会看到条带。理论上， DG GE 指纹图谱可以区分一个碱基对的差别。
作者：马丁,本实验来自「环境基因组学实验指南」