材料蛋白：1STP软件：PyMOL (TM) 2.3.0 （Edu）目的使用 pymol 展示蛋白中的氢键步骤1.蛋白导入此次选用的蛋白为 1STP 可以直接从 PDB 官网下载文件，或者直接在命令行框中输入fetch 1stp2.展示蛋白的 technical 结构按照步骤，首先点击蛋白右侧的 A 字符下拉菜单中，点击 preset，然后点击 technical出现图即为氢键相互作用的结构，黄色短线即为氢键，氢键两头分别为供体与受体3：查看蛋白的配体氢键点击右下角字母 S出现 ...
今天为大家推荐一款SCI写作助手—Academic Phrasebank，高效运用这款写作辅助神器，绝对让你的文章光彩夺目！Academic Phrasebank简介网站：http://www.phrasebank.manchester.ac.uk/Academic Phrasebank是一个专门针对学术论文写作的词句模板库，尤其是对于专业性的论文写作帮助很大。网站是由曼彻斯特大学的博士John Morley创办的， 它按照论文通常 ...
实例说明某实验室观察某药物治疗大鼠某疾病的疗效，以生存日数作为观察指标，实验结果如下。问该药物治疗该疾病是否可以延长大鼠生存日数。研究假设：H0：实验组和对照组的生存日数的总体中位数相等H1：实验组和对照组的生存日数的总体中位数不相等α=0.051.变量视图和数据视图界面①在变量视图界面输入变量的信息，注意在这里生存天数是标度变量。②在数据视图界面输入变量的各个数据。2.选择两组独立样本秩和检验相关选项点击分析（A ...
现有的基因芯片种类很多，但重要而且常用的芯片并不多，一般分析芯片数据都需要把探针的 ID 切换成基因的 ID。一般有三种方法可以得到芯片探针与 gene 的对应关系：（1）金标准是去基因芯片的厂商的官网直接下载（2）从 NCBI 里面下载文件来解析（3）直接用 bioconductor 包。其中前两种方法都比较麻烦，所以接下来要讲的是：如何用 R 的 bioconductor 包来批量得到芯片探针与 gene 的对应关系。一、说明1 、一般重要的芯片在 R 的 bioconductor 里 ...
材料蛋白：1STP软件：PyMOL (TM) 2.3.0 （Edu）目的使用 pymol 展示配体分子与蛋白结合的模式步骤1：蛋白导入此次选用的蛋白为 1STP 可以直接从 PDB 官网下载文件，或者直接在命令行框中输入fetch 1stp2：查看结构如下图所示，蛋白一般以 cartoon 模式展示，而小分子则是以 sticks 模式展示，周围环绕的红色点状物质为水分子。点击右下方红色框内 S 字母，在命令行框下方会显示出蛋白序列。拉动横轴，可以观察到绿色部位为蛋白序列，灰色 ...
一般情况，我们从文献上看到一条 miRNA，它名称一般是这样的：miR- 21、let- 7 等等。但很多的时候，我们看到的 miRNAs 是这样的：rno-miR- 9 *首先，miRNA 命名先确定物种名称，如人种的为 hsa，然后加上 miRNA 的简写 miR/mir，最后加上其被发现的顺序，如上述的 hsa-miR- 217。在确定命名规则之前发现的 miRNA，则保留原来的名字，如 hsa-let- 7。有一类同源的 miRNAs，它们可能只有 1 - 2 个碱基的差别，同源性非常高，那么在第一个发现并 ...
一、GST pull-down基本知识1、GST pull-down概念GST pull-down：是利用重组技术将探针蛋白与GST谷胱苷肽巯基转移酶融合，融合蛋白通过GST与固相化在球珠上的GSH谷胱甘肽结合。从而分离出能与融合蛋白相互作用的蛋白的技术。2、GST pull-down 研究对象二、GST pull-down 原理1、GST pull-down结合原理2、GST pull-down 分离原理三、GST pull-down 流程1、蛋白的抽提与纯化：① ...
研究人员在微生物细胞工厂发表论文，开发出具有更好抗冻性的转基因面包酵母，这可能会提高储存酵母生产的烘焙食品的质量。当我为家人烤点心时，我经常做太多的面团，不得不把它冷冻起来。不幸的是，用冷冻面团做的点心尝起来总不如新鲜面团做的点心好吃。造成这一问题的一个主要原因不是面团本身，而是面包师傅的酵母(酿酒酵母)，它“生活”在面团内部，通过发酵产生二氧化碳使面团发胀。当我们在-20℃的冰箱中冷冻面团时，我们不可避免地会冷冻 ...
联合国世界环境日是全球公民提高对我们所有人面临的环境问题的认识并采取行动的日子。2019年的主题是战胜空气污染，鉴于最近的气候变化抗议活动，人们似乎从未像现在这样强烈地感觉到，需要用更清洁的替代能源来提炼和燃烧化石燃料。利用生物技术和可再生原材料生产燃料、化学品和材料的生物基础经济旨在减少石化碳的消耗和由此产生的污染。我最近参加了一个关于生物技术在燃料和化学领域的研讨会，会议的主讲人是Jennifer Hol ...
今天我们就用一个号称精度高，对接速度快的软件 AutoDock Vina 做一个案例讲解。
下面我将通过一个实例分析 JC- 1 染色数据：1. 细胞模型是胶质瘤，给予阳性药 CCCP（线粒体脱偶联剂）处理后消化下来上机（FACScan）检测。2. 把 listmode 格式的原始数据文件拿回来，用 winMDI 2.9 或者 FlowJo 分析作图。3. 下面两个图是 density plot (密度图)，不是 dot plot (散点图)，一个点不代表一个细胞，而是代表染色强度相同的若干个细胞。我个人更喜欢 density plot，干净清爽，还是彩色的。4. 横轴示 FL- 1 Channel 收集的绿色荧光信号 ...
常见表位标签和序列常用表位标签的生物化学特性总结如下：氯霉素乙酰转移酶（CAT）这个 24kDa 大小的标签也用作报道基因，与大多数蛋白质融合时依然能保留其活性。这意味着它可以用来直接测量表达水平，而不需要 PAGE 或免疫检测。二氢叶酸还原酶（DHFR）这个 25kDa 蛋白质参与胸苷生物合成途径。带有这个标签的蛋白质的纯化可以通过甲氨蝶呤连接的树脂实现。FLAG带电的八肽序列（DYKDDDDK），可用于蛋白检测，特别是在串联为 3xF ...
Alignalign 首先执行序列比对，然后进行结构叠加，进行多次迭代以便进行微调，在蛋白序列相似性大于 30% 的时候可以达到良好的效果。用途Align 常常在结构生物学以及虚拟筛选中使用，当对不同的蛋白结构并对其进行比较时，我们就可以使用 align 比较蛋白结构，查看两者之间的差异，这个结构上的差异有一个量化的指标就是 RMSD。它的概念和计算方式，都会在下面列出。目前，pymo 是一个很流行的三维蛋白结构显示工具。本次的目的是，使用 py ...
埃博拉病毒（EBOV）复制周期中的关键步骤会涉及到病毒糖蛋白 2（GP2）的构象改变，从而促进宿主 - 病毒膜融合，释放病毒基因组的过程。这个蛋白的作用和 HIV 的 GP41 的作用机制类似。这篇文章针对 EBOV 的 GP2 蛋白为靶点进行虚拟筛选，所选用的分子库包含大约 170 万个分子，使用传统的 DOCK 软件进行对接，从排名前列的化合物中，选出 165 种购买并进行生物活性检测，发现了 4 个良好的候选化合物，其 IC50 在 3 - 26uM 之间。在随后的分子动力学模拟中，发现了结合相关的作用大 ...
外泌体不管是在基础科研、临床应用，还是商业研发，都相当火热，给大家介绍一个超强的外泌体数据库：exoRBase。exoRBase 数据库共收录了 58330 种 circRNAs，15501 种 lncRNAs，18333 种 mRNAs，它们来自 92 份血清外泌体 RNA-seq 实验数据，包括正常人（NP）、冠心病（CHD）、结直肠癌（CRC）、肝细胞癌（HCC）、胰腺腺癌（PAAD）和乳腺癌（BC）等样本。作者还依据 GTEx project 获得组织特异性 RNA 表达特征，分析了 ...
UCSC是一个非常庞大的类似于NCBI的航母式网站，里面包含了非常多的信息，也有很多非常好用的小工具。简单介绍网址：https://genome-asia.ucsc.edu/index.htmlUCSC是生物领域里常用的数据库之一，由University of California Santa Cruz (UCSC)创立和维护，主要包含了人类、小鼠、果蝇等多种常见物种的基因组信息。UCSC里也包括了一系列的分析工具，帮助用户浏览基因信息 ...
① Nature：揭示乳腺癌向大脑转移新机制乳腺癌脑转移（breast-to-brain metastases, B2BM）的高发生率使得科学家们猜测乳腺癌细胞向大脑中迁移并播种肿瘤是有内在原因的。阐明这一内在原因可能会为我们提供最大程度地减少甚至完全阻止 B2BM 的手段。在一项新的研究中，来自瑞士洛桑联邦理工学院（EPFL）下属的瑞士实验癌症研究所（ISREC）的研究人员发现 B2BM 涉及 N-甲基-D-天冬氨酸受体（NMDAR），该受体存 ...
一. 多肽的保存多肽保存指南：冻干粉形式的多肽，经密封包装可在常温条件下稳定运输，溶解状态的多肽不宜长期保存。需要长期保存的多肽，应以冻干粉形式存放在含有干燥剂的密封容器内，置于 - 20°C 保存，- 80°C 效果更好，可以最大限度地避免多肽降解，避免了被细菌降解和氧化，也可以避免二级结构的形成。大多数肽用这种储存方式可以使多肽保存半年以上，稳定性差一些的多肽一般也可以保存 3 个月以上。打开包装： 在打开包装和称重前，请先将多肽在干燥器中平衡至 ...
Bartlett 等人分析了 178 个酶（有结构报道）及他们的催化残基特征，并总结成文。催化残基定义:1. 直接参与催化，比如作为亲核试剂的残基.2. 对另外一个直接参与催化的残基或者水分子施加影响的残基（例如静电或者酸碱作用）。3. 稳定过渡态中间体的残基。4. 对底物或者辅因子施加影响，从而辅助催化。比如极化作用。平均每个酶有 3.5 个催化残基。残基的分布频率及所在的二级结构特征在所有催化残基中，有 65% 的残基是带电氨基酸（H, R, K, E, D），有 27% 的残基是极性氨基 ...
单个氨基酸的变化有可能会剧烈的影响蛋白的活性和功能，除了通过 X-ray 实验的方法以外。用软件来预测点突变蛋白的结构，解释其功能的变化 / 无变化，是最常见的蛋白结构分析的工具。接下来我们会通过一个实际的点突变例子来介绍操作方法。范例蛋白名称：BARNASE, 点突变 E73WWT 蛋白 PDB 编号：1b27序列：1b27:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCEAQVINTFDGVADYLQTYHKLPDNYITKSEAQALGWVAS ...
