Pymol 展示氢键

材料

蛋白：1STP

软件：PyMOL (TM) 2.3.0（Edu）

目的

使用 pymol 展示蛋白中的氢键

步骤

1. 蛋白导入

此次选用的蛋白为 1STP 可以直接从 PDB 官网下载文件，或者直接在命令行框中输入fetch 1stp

2. 展示蛋白的 technical 结构

按照步骤，首先点击蛋白右侧的 A 字符

下拉菜单中，点击 preset，然后点击 technical

出现图即为氢键相互作用的结构，黄色短线即为氢键，氢键两头分别为供体与受体

3. 查看蛋白的配体氢键

点击右下角字母 S

出现蛋白序列，向右侧拉，红色「0」代表的是水分子。水的前面，蛋白序列的最后会出现蛋白配体。

4. 选中 BTN，点击 sele 右侧的 A，下拉菜单中点击 zoom

5. 按住鼠标左键进行拖动，旋转到合适的角度。

6. 点击 wizard，下拉菜单中选择 measurement

左键选择黄线两端的原子，进行测量，3.0A，氢键距离一般为 3.5A 以内，复合要求，点击 Done。

7. 不断点击红框处，直到出现 ATOM。选择测量好的黄线两端的原子。

点击 sele 右端的 label，选择 atom name。此时出现的是两端的名字，OG 为氧原子为氢键供体，N 为氢键受体。

<link />