miRNA 是如何命名的?
小张聊科研
一般情况,我们从文献上看到一条 miRNA,它名称一般是这样的:miR- 21、let- 7 等等。但很多的时候,我们看到的 miRNAs 是这样的:
rno-miR- 9 *
1、首先,miRNA 命名先确定物种名称,如人种的为 hsa,然后加上 miRNA 的简写 miR/mir,最后加上其被发现的顺序,如上述的 hsa-miR- 217。
2、在确定命名规则之前发现的 miRNA,则保留原来的名字,如 hsa-let- 7。
3、有一类同源的 miRNAs,它们可能只有 1 - 2 个碱基的差别,同源性非常高,那么在第一个发现并命名的 miRNA 后加上 a、b、c……
4、有的 miRNA 可以由不同染色体的 DNA 序列转录而成,为了表示来源不同,则在名字后面加上 1、2、3……
5、在 miRNA 成熟过程中,一直到装配进 AGO2 蛋白,miRNA 都是双链的,这就有可能从 3' 或 5' 端臂产生最终成熟的 miRNA。在以前,产生表达水平高的 miRNA 后面不加任何符号,而表达量低的则加上「」,以示区分。如:
现在基本都使用「- 5p」「- 3p」来区分 miRNA 是由哪条臂形成的。
6、还有一种情况是这样的:miR- 17 - 92。这表示的是基因簇,在 miRNA 成熟过程中能产生多条的 miRNAs。例如这个 miR- 17 - 92 簇,它能产生 miR- 17、miR- 18、miR- 19a、miR- 20、miR- 19b、miR- 92 这 6 个成熟的 miRNA。
不同物种之间的 miRNA 前体和成熟体命名也会有差别,例如:
a. 动物:
miRNA 前体:以动物物种缩写-mir-命名顺序,如 hsa-mir- 227;
miRNA 成熟链:以动物物种缩写-miR-命名顺序,如 hsa-miR- 227 - 5p。
b. 植物:
miRNA 前体:以植物物种缩写-MIR+命名顺序,如 ath-MIR156a。注意:MIR 是大写,并与命名顺序之间没有「-」;
miRNA 成熟链:以植物物种缩写-miR+命名顺序,如 ath-miR156a- 5p。注意:miR 是小写,并与命名顺序之间没有「-」。
c. 病毒:
与动物一致。
miRNA 前体:以病毒物种缩写-mir+命名顺序,如 bhv1 -mir-B6;
miRNA 成熟链:以病毒物种缩写-miR+命名顺序,如 bhv1 -miR-B6 - 5p。