【求助】请问基因命名是怎么命名的啊？
丁香园论坛
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请问大家！
http：//www.gene. ucl.ac.uk/nomenclature这是基因管理委员会的网址？但是打不开啊！
比如一个基因叫做R335W
它为什么是这样写啊？数字和字母分别代表什么啊？
http：//www.gene. ucl.ac.uk/nomenclature这是基因管理委员会的网址？但是打不开啊！
比如一个基因叫做R335W
它为什么是这样写啊？数字和字母分别代表什么啊？
基因命名规则：White JA. Genomics, 1997, 45：468--471
1 一般规则
(1) 基因符号应为大写的拉丁字母或大写的拉丁字母和阿拉伯数字的组合。基因符号为了有使用的价值应尽可能地简洁, 而且不要试图它包含一个基因所有的已知信息。理想的符号应不超过6个字符。基因符号在书写时应用斜体或加下划线, 但在目录中例外。新的基因符号不能与已存在的基因符号重复。
(2)基因符号的第一个字符必须是字母, 随后的字符可以是字母或字母与数字的组合。
(3)基因符号在书写时应在同一行, 不允许在基因符号中使用上标或下标。
(4)不能使用罗马数字。在以前使用的基因符号中的罗马数字应改成相应的阿拉伯数字。
(5)不能使用希腊字母, 所有的希腊字符应改成相应的拉丁字母。希腊?拉丁字母互换表请查阅网页http：//www. gene. ucl.ac.uk/nomenclature/ guidelines.html
( 6 ) 在以希腊字母打头的基因符号中须将它改成相应的拉丁字母并放在基因符号的后面。如GLA(galactosidase, alpha)、GLB(galatosidase, beta)。
(7)基因符号应简洁和特异, 并能传达基因的功能或特性。
2 基因符号的构建建议
2.1 等级符号, 基因家族和系列
(1)为了方便一批相关基因从计算机数据库中获取, 应尽量使用等级方式。
(2) 当不同的基因编码具有类似功能的基因产物时, 基因位点的命名应紧跟在基因符号后加阿拉伯数字, 字母和数字之间不能使用空格, 如ADH1、ADH2、ADH3(三个乙醇脱氢酶基因位点)。但是, 如果它们已在历史上存在, 单个字母的后缀也可来命名这些基因位点, 如LDHA、LDHB、LDHC(三个乳酸脱氢酶位点)。
(3)基因符号的最后一个字符可用来指定基因的某一特性。在历史上曾用组织分布指定基因特性, 但如今更倾向于使用阿拉伯数字。因为以前认为的组织特异性在后来证实基因可能并不局限在这些组织中表达。
2.2 同源基因
(1)在不同脊椎动物中的同源基因应有相同的命名。
(2)如果一个基因先在其它物种中发现, 然后发现它在人中的同源基因, 则人的基因不应以H开头予以命名。
(3) 为了区分来自不同物种的同源基因, 可在基因符号前加由人类细胞遗传学标准化委员会(Committee on Standardization in Human Cytogenetics)制定的三字母代码(物种缩写表请查阅网页http：//www.gene.ucl.ac.uk/nomenclature /guidelines.html)。但要注意的是, 这三字母代码仅用作出版, 而不作为基因符号的一部分。这个物种代码是加在基因符号前。如HAS代表人类(Homo sapiens), MMU代表家鼠(Mus musculus)。使用这些物种符号的基因符号的例子如(HSA)G6PD、(HSA)HBB、(MMU)A1b。
(4)如果与非脊椎动物或原核生物同源, 人类基因可用这些同源基因的名字, 并可在后面加L表示类似的(like)和加上数字编号(如果在人中有多个同源基因)。用H来表示同源的方法已不推荐, 将被停止使用。
2.3 酶和蛋白质 酶和蛋白质的命名应参照国际生物化学和分子生物学联盟命名委员会(Nomenclature Committee of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology, 网址http：//alpha.qmw.ac. uk/～ugca000/iupac/jcbn)的推荐［9］。
2.4 一些具有特殊用途的保留字 一些字母或字母的组合放在基因符号的最后一个字母的后面表示特定的意义, 如P代表假基因(但要注意BP代表结合蛋白), L代表类似的, R代表受体或调节因子, N或NH代表抑制子。在其它场合应避免使用这些字母或字母的组合。
1 一般规则
(1) 基因符号应为大写的拉丁字母或大写的拉丁字母和阿拉伯数字的组合。基因符号为了有使用的价值应尽可能地简洁, 而且不要试图它包含一个基因所有的已知信息。理想的符号应不超过6个字符。基因符号在书写时应用斜体或加下划线, 但在目录中例外。新的基因符号不能与已存在的基因符号重复。
(2)基因符号的第一个字符必须是字母, 随后的字符可以是字母或字母与数字的组合。
(3)基因符号在书写时应在同一行, 不允许在基因符号中使用上标或下标。
(4)不能使用罗马数字。在以前使用的基因符号中的罗马数字应改成相应的阿拉伯数字。
(5)不能使用希腊字母, 所有的希腊字符应改成相应的拉丁字母。希腊?拉丁字母互换表请查阅网页http：//www. gene. ucl.ac.uk/nomenclature/ guidelines.html
( 6 ) 在以希腊字母打头的基因符号中须将它改成相应的拉丁字母并放在基因符号的后面。如GLA(galactosidase, alpha)、GLB(galatosidase, beta)。
(7)基因符号应简洁和特异, 并能传达基因的功能或特性。
2 基因符号的构建建议
2.1 等级符号, 基因家族和系列
(1)为了方便一批相关基因从计算机数据库中获取, 应尽量使用等级方式。
(2) 当不同的基因编码具有类似功能的基因产物时, 基因位点的命名应紧跟在基因符号后加阿拉伯数字, 字母和数字之间不能使用空格, 如ADH1、ADH2、ADH3(三个乙醇脱氢酶基因位点)。但是, 如果它们已在历史上存在, 单个字母的后缀也可来命名这些基因位点, 如LDHA、LDHB、LDHC(三个乳酸脱氢酶位点)。
(3)基因符号的最后一个字符可用来指定基因的某一特性。在历史上曾用组织分布指定基因特性, 但如今更倾向于使用阿拉伯数字。因为以前认为的组织特异性在后来证实基因可能并不局限在这些组织中表达。
2.2 同源基因
(1)在不同脊椎动物中的同源基因应有相同的命名。
(2)如果一个基因先在其它物种中发现, 然后发现它在人中的同源基因, 则人的基因不应以H开头予以命名。
(3) 为了区分来自不同物种的同源基因, 可在基因符号前加由人类细胞遗传学标准化委员会(Committee on Standardization in Human Cytogenetics)制定的三字母代码(物种缩写表请查阅网页http：//www.gene.ucl.ac.uk/nomenclature /guidelines.html)。但要注意的是, 这三字母代码仅用作出版, 而不作为基因符号的一部分。这个物种代码是加在基因符号前。如HAS代表人类(Homo sapiens), MMU代表家鼠(Mus musculus)。使用这些物种符号的基因符号的例子如(HSA)G6PD、(HSA)HBB、(MMU)A1b。
(4)如果与非脊椎动物或原核生物同源, 人类基因可用这些同源基因的名字, 并可在后面加L表示类似的(like)和加上数字编号(如果在人中有多个同源基因)。用H来表示同源的方法已不推荐, 将被停止使用。
2.3 酶和蛋白质 酶和蛋白质的命名应参照国际生物化学和分子生物学联盟命名委员会(Nomenclature Committee of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology, 网址http：//alpha.qmw.ac. uk/～ugca000/iupac/jcbn)的推荐［9］。
2.4 一些具有特殊用途的保留字 一些字母或字母的组合放在基因符号的最后一个字母的后面表示特定的意义, 如P代表假基因(但要注意BP代表结合蛋白), L代表类似的, R代表受体或调节因子, N或NH代表抑制子。在其它场合应避免使用这些字母或字母的组合。
谢谢版主！这是官方的说法啊，我还说不懂我看到的文章里说的基因R335W
是啥意思，哎
是啥意思，哎
eleven1113 wrote:
谢谢版主！这是官方的说法啊，我还说不懂我看到的文章里说的基因R335W
是啥意思，哎
很可能不是什么意思。例如，很多基因信息是通过芯片得到证实的，如果该基因功能上不明确，研究者自己都没法给他命一个确切的名字。比如cytochrome P450, 如果我们知道他的功能了，通行命名很有可能是cyp或者Cyp或者CYP；但是如果不知道，就只能有一个临时命名。如果这个点在芯片上的代号是B124，它的命名很有可能是这个，但如果以后确定它的性质了，也许会重新命名一个明确的名字。这也是为什么在NCBI中有一部分基因的名字有好几个，但是实际上都代表一个基因。
我个人觉得如果你要是确实想知道他咋命名，就只有追索原始文献看看，或者在NCBI里面搜索，看有没有相关的注释。但是要是换了我，这种基因名，搞不清楚也就算了，符号而已。
知道了，谢谢楼上的friend
符号而已，和我们每个人的名字一样，没必要有什么意思。。。。
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