Pymol 制作优质的蛋白配体结合图像 - 空间互补

材料

蛋白：1STP

软件：PyMOL (TM) 2.3.0（Edu）

目的

使用 pymol 展示配体分子与蛋白结合的模式

步骤

1. 蛋白导入

此次选用的蛋白为 1STP 可以直接从 PDB 官网下载文件，或者直接在命令行框中输入 fetch 1stp

2. 查看结构

如下图所示，蛋白一般以 cartoon 模式展示，而小分子则是以 sticks 模式展示，周围环绕的红色点状物质为水分子。点击右下方红色框内 S 字母，在命令行框下方会显示出蛋白序列。拉动横轴，可以观察到绿色部位为蛋白序列，灰色为蛋白缺失部位，300 处的 BTN 字母代表蛋白配体，红色的 0 代表水分子。

3. 操作配体

首先选中配体，两种方式（1）：在蛋白序列中点击 300 下的 BTN。（2）在图像中直接点击配体。此两种方式无优劣之分。

选中配体后，配体上会出现红黑的小点，此时点击（sele）右边的 A 字符，选择 extract object 将配体输出到一个新的 object 中。

4. 选中 obj01，点击其右侧的 S 字符，选中 Spheres。

5. 选中 1stp，点击其右侧的 A 字符，下拉菜单中选中 remove water。点击其右侧的 S 字符，下拉菜单中选中 surface。点击其右侧的 C 字符，下拉菜单中选中 grays，选择 white。

6. 保存高清图像

File -----> Export Image As , 后面自便。

结果