Pymol 制作优质的蛋白配体结合图像 - 空间互补
ZeroDesigner
材料
蛋白:1STP
软件:PyMOL (TM) 2.3.0(Edu)
目的
使用 pymol 展示配体分子与蛋白结合的模式
步骤
1. 蛋白导入
此次选用的蛋白为 1STP 可以直接从 PDB 官网下载文件,或者直接在命令行框中输入 fetch 1stp
2. 查看结构
如下图所示,蛋白一般以 cartoon 模式展示,而小分子则是以 sticks 模式展示,周围环绕的红色点状物质为水分子。点击右下方红色框内 S 字母,在命令行框下方会显示出蛋白序列。拉动横轴,可以观察到绿色部位为蛋白序列,灰色为蛋白缺失部位,300 处的 BTN 字母代表蛋白配体,红色的 0 代表水分子。
3. 操作配体
首先选中配体,两种方式(1):在蛋白序列中点击 300 下的 BTN。(2)在图像中直接点击配体。此两种方式无优劣之分。
选中配体后,配体上会出现红黑的小点,此时点击(sele)右边的 A 字符,选择 extract object 将配体输出到一个新的 object 中。
4. 选中 obj01,点击其右侧的 S 字符,选中 Spheres。
5. 选中 1stp,点击其右侧的 A 字符,下拉菜单中选中 remove water。点击其右侧的 S 字符,下拉菜单中选中 surface。点击其右侧的 C 字符,下拉菜单中选中 grays,选择 white。
6. 保存高清图像
File -----> Export Image As , 后面自便。
结果