PCR 技术

这一实验方案分为 3 个阶段。 第 1 阶段：反转录产生 cDNA 模板 ；第 2 阶段：在第一链 cDNA 产物末端加 poly(A) 尾 ；第 3 阶段：扩增。本实验来源于 PCR 实验指南（第二版），作者：种康，瞿礼嘉。

本实验介绍用经典 RACE 扩増 3'末端 cDNA 的方法。PCR 实验指南，章节25.4,方案1

本实验介绍基于 PCR 的 DNA 文库筛选方法。本实验来源于 PCR 实验指南（第二版），作者：种康，瞿礼嘉。

为了确认所选择 cDNA 确实是差异表达的，建议使用 Northern 印迹分析，而不要用其他的确认技术，比如反向 Northern 杂交（Zhangetal.1996) 或定量 RT-PCR。本实验来源于 PCR 实验指南（第二版），作者：种康，瞿礼嘉。

从丙烯酰胺凝胶上切下潜在的差异表达 cDNA 之后，用同一种锚定-任意引物组合重新扩增 cDNA, 反应条件与最初 PCR 相同。重新扩增的产物，可以进行克隆和测序，以供进一步分析。本实验来源于 PCR 实验指南（第二版），作者：种康，瞿礼嘉。

本方案设计为 24 个 PCR 反应，使用 3 种 cDNA 亚群（利用方案 3 中的 H-T11M 引物进行 RT 反应），引物为荧光染料标记的锚定引物（FH-T11M) 与 24 种上游任意引物 (HAP) 的组合。本实验来源于 PCR 实验指南（第二版），作者：种康，瞿礼嘉。

cDNA 合成反应的体积，依赖于所用的锚定-任意引物组合的数目。下面提供的方案，适用于 24 个引物组合和两个样品。对于更多的样品和/或更多的引物组合，调整相应主体混合液的体积。本实验来源于 PCR 实验指南（第二版），作者：种康，瞿礼嘉。

为了进行 FDD 基因表达的分析，以及使用任何其他基于 RNA 的基因表达技术，在反转录合成单链 cDNA 和后续的 PCR 操作之前，必须除掉污染的基因组 DNA。本实验来源于 PCR 实验指南（第二版），作者：种康，瞿礼嘉。

虽然 FDD 利用了真核 mRNA 的多聚腺苷酸 [poly(A)+] 位点，但并不推荐使用 poly(A)+RNA，因为在反转录反应中可能污染寡核苷酸，并因此增加假阳性的概率。所以建议使用总 RNA 做 FDD 分析。本实验来源于 PCR 实验指南（第二版），作者：种康，瞿礼嘉。

下面 4 个探针用于差异筛选杂交。 1. 检测者特异性消减探针（正向消减探针）。 2. 驱动者特异性消减探针（反向消减探针）。 3. 从检测者 mRNA(或检測者基因组 DNA) 直接合成的 cDNA 探针。 4. 从驱动者 mRNA(或驱动者基因组 DNA) 直接合成的 cDNA 探针。 本实验来源于 PCR 实验指南（第二版），作者：种康，瞿礼嘉。

对于高通量的筛选，推荐使用几个热循环仪厂家提供的 96 孔或 384 孔 PCR 板，或者使用单个的管子。本实验来源于 PCR 实验指南（第二版），作者：种康，瞿礼嘉。

SSH 的主要缺点是，在消减文库中存在代表非差异表达 DNA 种类的背景克隆。在某些情况下，背景克隆的数量可能大大超过目的克隆。为了克服这个问题，推荐镜像方向选择(MOS)。本实验来源于 PCR 实验指南（第二版），作者：种康，瞿礼嘉。

在本方案所描述的反应中，差异 DNA 被选择性地扩增。每个实验至少应该有 4 个反应：①已消减的检测 DNA;②未消减的检测者对照（1-c);③反向消减的检测 DNA;④反向未消减的对照（2-c)。本实验来源于 PCR 实验指南（第二版），作者：种康，瞿礼嘉。

实验介绍消减杂交，本实验来源于 PCR 实验指南（第二版），作者：种康，瞿礼嘉。

一次双向消减，需要总量为 2ug 的基因组 DNA 或 cDNA。大多数分离 RNA 和基因组DNA 的方法都适用于本实验（Sambrooketal.1989;ChomczynskiandSacchi1987;Farrell1993)。本实验来源于 PCR 实验指南（第二版），作者：种康，瞿礼嘉。

本实验介绍使用 HC ExpressArray Kit 进行杂交与检测的方法。本实验来源于 PCR 实验指南（第二版），作者：种康，瞿礼嘉。

本方案描述了通过 PCR 扩增产物，来制作 cDNA 微阵列的实验步骤。本实验来源于 PCR 实验指南（第二版），作者：种康，瞿礼嘉。

这一部分介绍了一种原位 PCR，特别是逆转录酶原位 PCR 的简略方法。详细讨论了其中的每个实验程序。本实验来源于 PCR 实验指南（第二版），作者：种康，瞿礼嘉。

在优化实验条件时，应该同时用含有甘油和不含甘油的凝胶分离PCR产物，并对放射性自显影的结果进行比较。利用这两种凝胶分析同一种样品的预实验结果可以在24h之内获得。一旦实验条件确定下来，特定实验所优选的凝胶类型就可以应用到该基因座的所有样品的分析中。本实验来源于 PCR 实验指南（第二版），作者：种康，瞿礼嘉。

可以用各种方法分离基因组 DNA, 主要决定于初始材料的种类（血液还是组织）和数量。所有制备的 DNA 都应该储存于 pH8.0 的 TE 缓冲液中并装在灭菌的 Eppendorf 管内。本实验来源于 PCR 实验指南（第二版），作者：种康，瞿礼嘉。