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用Sep-Pak C18柱层析法纯化放射性标记的寡核苷酸实验
本方案介绍的是利用寡核苷酸对于硅胶反相亲和的特性,将放射性标记的寡核苷酸与未掺入的放射性标记物分离的方法,本方案的方法只可用于纯化 5'端放射性标记或非标记的含磷酸基团的寡核苷酸,而方案 1 所介绍的方法多用于 5'末端为游离羟基的寡核苷酸。本实验来源于分子克隆实验指南(第三版)上册,作者:黄培堂。
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大小排阻层析法纯化放射性标记的寡核苷酸实验
放射性标记的寡核苷酸用于酶促反应如引物延伸反应时,需要完全除去未掺入的放射性标记物。本方案介绍的是利用大小排阻层析时寡核苷酸与单核苷酸移动速率差异,分离放射性标记的寡核苷酸与未掺入的放射性标记物的方法。本实验来源于分子克隆实验指南(第三版)上册,作者:黄培堂。
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乙醇沉淀法纯化放射性标记的寡核苷酸实验
如果放射性标记的寡核苷酸只是用作杂交探针的话,一般不必完全除去未掺入的放射性标记物。然而,为了使本底降至最低,应该将未掺入的大部分放射性标记物与放射性标记的寡核苷酸分离。如果寡核苷酸长度超过 18 个核苷酸(本方案),则绝大部分未反应的放射性前体物质可通过乙醇分级沉淀除去。本实验来源于分子克隆实验指南(第三版)上册,作者:黄培堂。
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聚丙烯酰胺凝胶电泳纯化寡核苷酸实验
本方案中详述的方法为利用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳纯化粗合成的寡核苷酸,该方案是 Michael Smith 实验室(University of British Columbia,Vancouver,British Columbia) 方法的改良,已经使用了二十余年。本实验来源于分子克隆实验指南(第三版)上册,作者:黄培堂。
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酵母人工染色体的应用
直到 20 世纪 80 年代中期,尚无技术可用于基因组 DNA 黏性大片段的分离、扩增和分析。在此之前,如果要对某一 DNA 片段进行详细的物理和功能研究,该 DNA 的长度应能够装入 λ 噬菌体颗粒或黏粒载体。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。
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大量培养物中分离 BAC DNA
BAC 重组子的精细分析,包括详细的限制酶切图谱、DNA 测序或亚克隆,所需 DNA 量都超过小量制备所能提供的量。本方案的制备流程适用于重组 BAC 的大规模培养物。500 ml BAC 转化菌的平均产量为 20~25 μg BAC DNA。还可用柱层析对 DNA 产物进一步纯化。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。
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小量培养物中分离 BAC DNA
小量 BAC DNA 是从 5 ml BAC 转化细胞培养物中制备的。DNA 的制备采用碱裂解法。BAC DNA 的产量可达 0.1~0.4 μg,足够用于限制酶切分析、PCR 或 Southern 印迹。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。
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细菌人工染色体的应用
细菌人工染色体(bacterial artificial chromosome, RAC ) 是以大肠杆菌致育因子 (fertility, F)为基础的合成载体。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。
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利用 BIAcore 分析相互作用的蛋白质
BIAcore表面等离子共振广泛应用于:(1)研究各种生物分子(如多肽、蛋白质、寡核苷酸,以及病毒、细菌、小分子化合物)之间的相互作用过程;(2)特异性抗体检测或质控、疾病机制、药物筛选;(3)相关药物动力学实时监测、配体垂钓、免疫调节、结构-功能关系等。
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GFP 和荧光共振能量转移技术测定蛋白质相互作用实验
我们将方案分成三个阶段: 第一阶段介绍蛋白质的制备及蛋白质的荧光染料标记;第二阶段,通过转染或微注射将适当的探针成分导入细胞;第三阶段,图像的收集和分析过程。本实验来源于分子克隆实验指南(第三版)下册,作者:〔美〕J. 萨姆布鲁克 D.W. 拉塞尔。
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免疫共沉淀确定结合蛋白实验
当细胞在非变性条件下被裂解时,完整细胞内存在的许多蛋白质-蛋白质间结合保持下来。这一亊实可被用于检测和确定生理条件下相关的蛋白质-蛋白质间相互作用。本实验来源于分子克隆实验指南(第三版)下册,作者:〔美〕J. 萨姆布鲁克 D.W. 拉塞尔。
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GST 融合蛋白沉降实验
GST 沉降实验与 far western(方案 2) 相比有—个优点:探针蛋白是在更自然的环境下与可能的搭档蛋白孵育,因而增强了相互作用的有效性。本实验来源于分子克隆实验指南(第三版)下册,作者:〔美〕J. 萨姆布鲁克 D.W. 拉塞尔。
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用 GST 融合蛋白检测蛋白质-蛋白质相互作用实验
GST 融合蛋白作为在细菌中表达的重组蛋白,从它们被介绍以来,已用于成千上万个研究项目中(Smith and johnson 1988)。它们常常被用于制备抗体,这些抗体可用于研究蛋白质-蛋白质相互作用以及分析生化反应。本实验来源于分子克隆实验指南(第三版)下册,作者:〔美〕J. 萨姆布鲁克 D.W.拉塞尔。
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双杂交和其他双成分系统实验
本实验介绍关于双杂交和其他双成分系统的实验方法。本实验来源于分子克隆实验指南(第三版)下册,作者:〔美〕J. 萨姆布鲁克 D.W.拉塞尔。
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蜕皮激素调控诱导细胞基因表达实验
下面的方案是从蜕皮激素诱导的哺乳动物表达系统(Invitrogen 公司)附带的方案修改而来。Stratagene 公司也出售相似的系统。本实验来源于分子克隆实验指南(第三版)下册,作者:〔美〕J. 萨姆布鲁克 D.W.拉塞尔。
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P1 噬菌体克隆在大肠杆菌宿主间的转移
从不同大肠杆菌菌株中获得的 P1 噬菌体 DNA 的产量与质量取决于宿主菌的基因型和重组子中外源 DNA 的特定序列。将 P1 或 PAC 重组子转化到不表达 Cre 重组酶的大肠杆菌菌株中有时可以解决低产或劣质的问题(如 NS3516; Sternberg et al. 1994)。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。
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黏粒文库的扩增和贮存(在滤膜上扩增)
应用此种扩增方法,文库不容易失真,这是由于在任何一步骤中,含有不同重组黏粒的混合菌群都不会在生长中发生竞争。但扩增过程冗长,而且有时由于主滤膜保存后菌落不再生长而丢失。本节还提供一种备选方法,即在 TB 平板上扩增。该备选扩增方案使那些生长不良的黏粒克隆易于丢失。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。
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黏粒文库的扩增和贮存(在液体培养基内扩增)
不要过度扩增黏粒文库,因为这样会不可避免地引起原基因组的失真。生长较快的克隆会过度呈现,不稳定的克隆会发生重排,而生长慢的克隆可能会从文库中完全消失。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。
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通过杂交筛选未扩增的黏粒文库(滤膜影印)
经黏粒转化的稠密细菌菌落可通过杂交的方法筛选,该方法源于质粒转化菌落的大规模筛选(Hanahan and Meselon 1980)。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。
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四环素作为可诱导基因表达的调控物实验
下面的方案分成 3 个阶段:用 pTet-tTAk 稳定转染成纤维细胞,稳定转染可诱导表达 tTA 的 NIH-3T3 细胞,分析转染细胞中的蛋白表达。稳定转染细胞系表达反式激活因子和靶基因分为两个阶段。本实验来源于分子克隆实验指南(第三版)下册,作者:〔美〕J. 萨姆布鲁克 D.W. 拉塞尔。
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