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收下这个科研神器,科研小白也能绘制出漂亮的信号通路图!

信号通路是指能将细胞外的分子信号经细胞膜传入细胞内发挥效应的一系列酶促反应通路。细胞信号通路图是科研研究过程中最常见也是最常用到的,如何绘制适合我们自己科研课题的信号通路图呢?可以试试 pathway builder tool 软件。这款软件简单易学,即便是零基础的同学,也可以做出漂亮的信号通路。作图软件Pathway Builder Tool 2.0优点:操作简单,任何系统下都能使用。缺点:软件反应比较慢,分子结果不够全面,比如没有Ln ...

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12 本喜欢收录纯生信文章的 SCI 期刊,不仅审稿快还易发表

近年来越来越多的人对生物信息学感兴趣,因为它甚至不需要任何实验就可以发 SCI,仅依靠生物信息的相关筛选和统计分析便可发文~一般纯生信或补充点相关实验大多是发 1 - 5 分文章。纯生信的杂志并不是很多,今天为大家整理了 12 本喜欢收录纯生信文章的 SCI 期刊,有需要的拿来作参考~1、Bioinformatics推荐指数:3 星2、BMC Bioinformatics推荐指数:4 星3、BMC Genomics推荐指数:3 星4、BRIEFINGS IN BIOINFO ...

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10.8 Nature:揭示α-酮戊二酸是 p53 介导的肿瘤抑制的效应因子

① Nature:揭示α-酮戊二酸是 p53 介导的肿瘤抑制的效应因子肿瘤抑制基因 TP53(编码蛋白 p53)在大多数人类癌症中以及在 70% 以上的胰腺导管腺癌(PDAC)中发生突变,野生型 p53 也可以调节细胞代谢途径,不过人们对 p53 依赖性的抑制癌症进展的代谢变化仍然知之甚少。在一项新的研究中,来自美国纪念斯隆凯特琳癌症中心等研究机构的研究人员发现 p53 重塑癌细胞代谢,从而促进染色质和基因表达发生有利于维持癌变前细胞命运(premaligna ...

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Graphpad 作图教程 | 手把手教你绘制「森林图」

森林图 (forest plots) 是以估计模型 (固定效应模型或是随机效应模型) 结果为基础绘制出的图型。它以一条垂直的直线 (横坐标刻度为 1 或 0) 为中心,用平行于横轴的多条线段描述了每个被纳入研究的效应量和可信区间 (confidence interval,CI), 用一个棱形 (或其它图形) 描述了多个研究合并的效应量及可信区间。我们以 Graphpad Prism 8.0 为例,继续教大家如何绘制回归分析结果的森林图。1. 选择「Column」,我们继续使用 sample data 来 ...

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收下这份全面详细的医学备考指南,让你的考博少走弯路!

有的人考博,是由于学历,特别是在高校,没有博士学历被人鄙视;有的人考博,是由于钱多,读完出来相信就能赚到更多钱;有的人是为了工作,博士的工作好找,又比较轻松,受人敬重;有的人考博是出于兴趣,对科研的执着和热爱。因此考博无非就两种原因,一是出于热爱,自愿考博,二是出于无奈,被迫考博。而我就是被动考博的一员。即使不是特别热爱,即使考博之路充满了艰辛和挫折,7 个多月的披星戴月,我也还是坚持了下来,拿到了某医科大学脑外科博士录取 ...

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当 BioEdit 遇上 Excel ,手把手教你批量处理序列!

由核苷酸 ATCG 及氨基酸组成的序列代表着核酸和蛋白质最基本的一级结构,对它们的编辑分析是实验室必备的技能。除了使用让人头大的编程语言及命令行,今天推荐的两款纯交互图形界面软件 BioEdit + Excel 组合效果也毫不逊色,特别是序列的批量处理方面,而且操作更加简便直观,堪称实验室序列编辑分析出奇制胜的双剑客。本文就组合使用 BioEdit + Excel 批量更改 Fasta 格式文件中的序列名、本地 BLAST、从泛基因组中提取特定基因序列、批量 G ...

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掌握这些基因组 MGE 识别数据库,分析工作不用愁!

移动遗传元件 (Mobile genetic elements, MGEs) 如质粒、噬菌体、基因组岛、转座子和插入序列等是能够在细胞内外移动、携带编码特定功能基因的基因组片段,在生物体基因转移和基因重组方面以及物种进化方面起着不可小觑的推动和调节作用,并且一直是研究的热点。MGE 也是横向基因转移事件的指示物,代表着生物体对不同环境的主要适应性机制。如何准确预测基因组中的 MGE 并进行分析一直是大家关注的问题,今天就为大家介绍一些可以识别 ...

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蛋白质结构与功能研究技术路线

蛋白质参与行使几乎所有的细胞功能。为了行使其特定的功能,蛋白质必须折叠成特定的结构。蛋白质结构研究可帮助对其功能机制的深入理解,也可帮助进行药物筛选及设计优化。蛋白质生物化学功能主要有结合、催化、分子开关以及细胞骨架等。哺乳动物细胞中蛋白质超过一半是酶。蛋白质结构的稳定性是其发挥生物功能必需的,三级结构由非共价和共价两类相互作用稳定,其中非共价相互作用为主。下表是稳定蛋白质结构的化学相互作用。蛋白质结构的柔性 ...

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如何使用 GSEA 进行数据分析?

在本篇文章中,将利用 GSEA 官网提供的数据集,介绍如何使用该软件进行分析数据。一、打开软件,在软件左上角 Download Example datasets,或者直接去该网站进行下载。http://www.gsea-msigdb.org/gsea/datasets.jsp在这里,我们将使用 p53 的数据进行分析,将图中红框的三个文件都下载到本地,这三个文件为携带 p53 突变与野生型表达谱、表型文件。在下载数据的时候,首先需要先进行注册,注册只需要 ...

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零代码实现完整的GEO数据分析、多个 GEO 数据整合分析!

这周我们有个老师特地给我们推荐了一个专门针对GEO数据分析的综合在线工具--BART,这个工具最近发表在BMC Bioinformatics上,是一个从CELL或expression表达矩阵输入到可视化分析、富集分析的综合分析平台。对于那些生信还没入门的同学来说,该工具的价值更加明显,可以帮助没有生信经验的同学们更完整的做GEO数据分析,甚至是多个GEO数据的整合分析。一、简单介绍1、BART优劣分析:① 功能全面:包 ...

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Pubmed 如何按照影响因子筛选文献?

Pubmed按照简单的关键词检索出来的文献实在太多了,如果想查询其中中IF在1-2分或者是2-3分的文献,直接按照分值段进行文献筛选该如何操作呢?

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新一代基因组数据库 IMG/M

说起基因组序列数据库,大多数人耳熟能详的是三巨头GenBankEBIDDBJ这些数据库在设计之初虽然考虑了基因组存储的需求,但在基因组分析和数据挖掘上的功能设计则比较欠缺。而 IMG/M 作为新一代基因组数据库的代表,不仅能够完整收录现有数据库的内容,还提供了更完善的数据上传、注释和分析服务,将测序数据储存到 IMG/M 数据库(即将 IMG/M 数据库的登录号填写到文章中)也是被许多顶尖期刊如 Nature Communication 所接受 ...

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学会这个易上手的免费软件 CiteSpace,萌新也能快速锁定研究热点!

小编今天就安利一个神器--CiteSpace,它可以帮助你快速锁定领域内最关键的科学问题,帮助你了解自己所在学科的前世今生。学习如何使用之前,先让我们欣赏一下利用 CiteSpace 分析做出的图:图片均来源:CiteSpace 中文指南言归正传,CiteSpace 是一款文献分析软件,它可以通过可视化分析协助你了解一门学科的发展历程,并识别该领域最为活跃的研究方向等,以探寻出学科领域演化的路径及知识爆发点。在学习如何使用该 ...

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整理了上千篇 SCI,总结出这 4 个最奇葩的单词拼写错误

SCI 论文发表是一个繁琐而又漫长的过程,需要我们耐心、细心和认真的对待。不然可能会出现一些让人啼笑皆非的事情,比如下面这位仁兄提到自己的奇葩经历:论文标题中单词拼写错误。图片来源:百度截图标题是一篇文章中最为关键的部分,按常理应该不能容忍出错才对。但是,让人大跌眼镜的是标题拼写错误并不罕见,甚至有点儿比比皆是,今天笔者就给大家说说那些奇葩的标题错误文章。1. microRNAMicroRNA 是一类由内源基因编码的长度约为 ...

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9.30 兰州大学 Nature 子刊发现共用转录因子调控新机制

① Cell 子刊最新发现糖尿病潜在新疗法白色脂肪组织是包括人类在内的哺乳动物体内两种脂肪组织中的一种,其作用是将多余的能量作为脂肪储存起来。另一种是棕色脂肪组织,它可以将食物中的能量转化为热量,有助于进行热量调节。棕色脂肪组织为抵御寒冷,应答寒冷应激会产生几种脂质,比如 12 -HEPE,但这种脂质的功能并不清楚。来自巴西,美国和德国的研究人员发现在注射浓缩葡萄糖溶液后,用 12 -HEPE 处理的肥胖小鼠比未治疗的小鼠,其血糖水平能 ...

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想要 PCR 不踩「坑」,学会这 3 招就对了...

PCR 是一个坑,坑里埋了好多研究僧……PCR 是众位「研究僧」日常实验中最常用的技术,可谓是「研究盛宴」中的一道「小菜」。可也有不少童鞋反映,这道菜不好吃,一不小心就「小河里翻船」。那么,我们该如何把这道菜「吃好」、跳出这个「坑」呢?诸位看官莫急,待我送君「三大法宝」。一、确保 RNA 样本合格常见的 RNA 提取方法有 TRIzol 法、吸附法,这两个方法各有所长,但都不能保证提取的 RNA 样本一定合格。因而,提取完成后应测定 RNA 的浓度及吸光度。通常,在 260,280, ...

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Graphpad 作图教程 | 十分钟搞定多因素方差分析!

上一个教程给大家讲的是如何用 graphpad 做小提琴图,今天应小伙伴们的要求,给大家继续介绍强大的 graphpad prism 8.0 是如何进行多因素方差分析的。我们以双(多)分析中的析因分析为例来介绍。首先我们要明确,析因分析所关心的问题主要有两个:两个或两个以上处理因素的各处理水平间均数有无差异?及主效应有无统计学意义两个或两个以上处理因素之间有无交互作用话不多说,我们直接开始:1. 为了方便仍然以 sample data 来介绍,如下图 ...

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用不了Visio,6个超赞的在线流程图工具赶紧收藏!

只需要一个浏览器就能随时随地绘制精美的流程图、线框图、便利贴、脑图……今天给大家推荐6款好用的在线流程图绘制工具,只需要一个浏览器就能随时随地绘制精美的流程图、线框图、便利贴、脑图……1、Lucidchart网址:https://cookietest.lucidchart.comLucidchart 是一个基于 Web 的高级图表工具,LucidChart是一个基于HTML5的在线流程图绘制和协作应用平台,用户可以通过它方便快速 ...

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想研究基因的进化压力分析?强推这个免费易学的网站!

遗传学和基因组学方法的快速发展丰富了我们对自然选择和分子进化的理解。基因组内含有适应性突变的基因在正向自然选择中因为占据优势而不断增加,而通过比较不同群体之间的核苷酸序列可以识别这些基因,对进化压力的检测和量化是近年来研究的一个热门领域,这些带适应性突变的基因是一般也是药物的潜在靶点。今天小编给大家安利一个专门分析进化压力的网站:DatamonkeyDatamonkey 进化压力在线分析平台可以识别基因中受 ...

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避免自雷!这 6 本自引率超高的期刊你得警惕了!

一直以来,物超所值的神刊备受大家推崇,但是笔者认为自引率超高的危险期刊更应该受到大家关注。毕竟,好刊只是让你锦上添花,但是危险期刊却可以让你万劫不复……1. Forensic Science International-GeneticsForensic Science International-Genetics 是爱尔兰于 2007 年创办的季刊,著名出版商 Elsevier 发布,为非 OA 期刊。该刊在 JCR 分区中属于 Q1 区;在中科院分区中,大类属于生物学 2 区,遗传 ...

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