做 miRNA 研究怎能少了这个宝藏网站？

<link />

今天给大家介绍一个 miRNA 相关的数据库 mirDIP。

（http://ophid.utoronto.ca/mirDIP/）

今天介绍的这个数据库有何特别之处呢？下面就给大家划重点～

1、支持多 miRNAs 查询靶基因

据本宫所知，其它 miRNA 数据库预测 miRNA 靶基因的时候，只能输入一个 miRNA 的名称进行预测，比如 StarBase，你输入两个基因名称是跑不出来的。

如果你做 miRNA 芯片检测出一大票的差异 miRNAs，而你发现这些个数据库极其不人道的只能一个个的检索靶基因时，想必你的内心一定是奔溃的～～～

所以本宫今天极力推荐 mirDIP，它既支持多 miRNAs 预测靶基因，也支持多 mRNAs 预测 miRNA。

本宫其实不太理解其它数据库为何没有这项功能，个人觉得实现起来应该并不复杂。难道是因为怕大家输入不对 miRNA 的名称？所以限定只能输入一个，这样系统可以自动匹配标准名称？或者直接像 StarBasev 那样做成下拉菜单～

mirDIP 是需要输入 miRNA 标准名称的 ，对 miRNA 命名还不太熟悉的小伙伴可以看下这篇文章 miRNA 的名字，到底是什么意思？

2、ceRNA 查询

如果你还不太了解 ceRNA 机制，那你可以看一下 X 湿兄是如何一本正经地玩坏 ceRNA 机制的，又或者看看大牛的经典综述 ceRNA 综述、数据库及经典文章。

我们可以直接用 mirDIP 查询两个基因或多个基因之间是否存在相同的 miRNA。如果查到两个基因之间确实有相同的 miRNA，那就又能玩 ceRNA 啦～

3、剔除 Globally Targeted Genes

有些基因呐，它特别招 miRNA 喜欢，什么 miRNA 都和它有一腿（这类 mRNA 一般是存在某些特殊序列，miRNA 预测工具都是用一定的算法预测的，算法不能排除这样的特殊序列导致的假阳性），这样的基因就是 Globally Targeted Genes。mirDIP 可以剔除这样的基因，降低预测结果的假阳性率。

4、miRNA 在不同组织中的表达情况

mirDIP 可以查询多个 miRNAs 在不同组织中的表达情况，方便大家进行比对和展示。

文章中是如何运用 mirDIP 的呢？

Computational identification of microRNAs associated to both epithelial to mesenchymal transition and NGAL/MMP- 9 pathways in bladder cancer（Oncotarget）

图片展示的是 miRNA 能够靶向某一生物学过程涉及的多数基因。

今天有 mirDIP 就介绍到这里了。

特别提醒：mirDIP 物种仅限于人类！