为什么 TCGA 数据显示 P53 是癌基因？

关于抑癌基因 P53，相信大家没有不知道这个明星分子的了。

最近在课程的微信群里面，就有同学提出来一个问题：他用课程里面介绍的 Oncomine 和 KM plotter 这两个工具有一个重大发现：P53 是癌基因！因为 P53 在大部分的肿瘤里面是高表达的，而且高表达 P53 的病人预后更差。结果是这样的：

证据 1. P53 在肿瘤里面高表达 (与对照比较)

证据 2：高表达 P53 的肿瘤病人预后更差（总生存期 OS 更短）

他的内心 OS 是这样的：

下面我们来看一下原因: 这里的 P53 是突变型的 P53，而不是野生型的 P53！我们知道正常的野生型的 P53 是抑癌基因，而当 P53 突变后就变成了癌基因。

但是，在很多情况下，当我们不是特意去区分 P53 是野生型还是突变型的时候，我们检测的 P53 就是两者的总和，既有野生型的 P53，也有突变型的 P53，在大部分肿瘤里面高表达的是突变型的 P53，于是就出现了我们前面看到的情况。

从这个问题延伸出来，我们就会发现一个问题：当我们用表达谱芯片检测分子表达的时候，如果发现基因的表达有差异，还需要我们进一步检测具体是哪条 RNA，这里既要看是否是突变型，还要看一个基因转录出来的哪条 RNA 发挥功能，因为我们知道：在有些情况下，一个基因的转录出来的不同 RNA 功能是完全相反的（比如在 cell 杂志的这篇文章可能颠覆你对 lncRNA 的理解…… 一文中，基因 ASCC3 的两条 RNA 功能就是完全相反的）；基因突变和非突变情况下，功能也可能是完全相反的（比如野生型 P53 和突变型 P53），这就是我们研究可变剪接和 SNP 或者基因突变的意义所在。

所以，当我们发现某个基因在疾病组高表达，但是发挥抑制疾病的功能时，就需要我们进一步检查这个基因转录本（转录出来的 RNA）的具体序列是哪一条，可能我们检测的 RNA 和干扰 / 过表达的 RNA 不是一条 RNA。