小庄要勇敢
转录组测序得到的数据,如果想要获取上调前20%的基因,应该怎么设置条件呢?可以用Log2FoldChange这个指标吗?例如:共有100个上调基因,对这些基因根据Log2FoldChange从大到小进行排序,然后取前10个吗?
loveliufudan
如果你想要获取上调前20%的基因,你可以根据Log2FoldChange从大到小进行排序,然后取前20%的基因。例如:共有100个上调基因,对这些基因根据Log2FoldChange从大到小进行排序,然后取前20个基因。
但是,仅仅根据Log2FoldChange来筛选差异表达基因可能不够准确,还需要考虑FDR(错误发现率)这个指标。FDR是通过对p值进行校正得到的,反映了差异表达分析中假阳性的概率。一般认为FDR小于0.01或者0.05的基因是显著差异表达基因。
所以,如果你想要获取上调前20%且显著差异表达的基因,你可以先根据FDR筛选出显著差异表达基因(例如FDR<0.05),然后再根据Log2FoldChange从大到小进行排序,并取前20%的基因。
毛利小五郎的徒弟
可以用Log2FoldChange这个指标进行排序
huarenqiang5
可以用Log2FoldChange这个指标。
juyue2010
首先需要p<0.05,再设置 变化倍数大于2倍,排序