转录组分析
小庄要勇敢
转录组测序得到的数据，如果想要获取上调前20%的基因，应该怎么设置条件呢？可以用Log2FoldChange这个指标吗？例如：共有100个上调基因，对这些基因根据Log2FoldChange从大到小进行排序，然后取前10个吗？
4 个回答
loveliufudan
如果你想要获取上调前20%的基因，你可以根据Log2FoldChange从大到小进行排序，然后取前20%的基因。例如：共有100个上调基因，对这些基因根据Log2FoldChange从大到小进行排序，然后取前20个基因。
但是，仅仅根据Log2FoldChange来筛选差异表达基因可能不够准确，还需要考虑FDR（错误发现率）这个指标。FDR是通过对p值进行校正得到的，反映了差异表达分析中假阳性的概率。一般认为FDR小于0.01或者0.05的基因是显著差异表达基因。
所以，如果你想要获取上调前20%且显著差异表达的基因，你可以先根据FDR筛选出显著差异表达基因（例如FDR<0.05），然后再根据Log2FoldChange从大到小进行排序，并取前20%的基因。
土井挞克树
可以用Log2FoldChange这个指标进行排序
huarenqiang5
可以用Log2FoldChange这个指标。
juyue2010
首先需要p<0.05,再设置 变化倍数大于2倍，排序
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