GEO转录组数据处理问题
wht101
最近从GEO数据库下载了一个数据集GSE29609，发现里面的基因表达量值很低，且很多负值，查看数据集的一些介绍，似乎是双通道芯片分析的结果，平台上面介绍：ID_REFVALUE-INV_VALUE: normalized Cy3/Cy5 INV_VALUEnormalized log10 ratio Cy5/Cy3；看了Cy3,Cy5的channel介绍，感觉看不懂Cy3,Cy5分别是什么？还有这种双通道芯片下载的矩阵，基因表达量值是它介绍的normalized Cy3/Cy5 吗？为什么会有负值？如何处理后可以正常进行后续的差异分析及生存分析？谢谢大神指教，生信小菜鸟才接触GEO，很多不懂，麻烦赐教，必有丁当酬谢，谢谢
1 个回答
土井挞克树
我感觉你可以尝试一下进行对数转换。
相关产品推荐
EZElisa™小鼠转录调节蛋白BACH 1（Bach 1）ELISA试剂盒-EZElisa™ Mouse Transcription regulator protein BACH1 (Bach1) ELISA Kit
￥6448
一代测序| DNA测序| 基因测序| 快速、优质、稳定
￥10
【年末特惠，欢迎来询】双荧光素酶报告基因| 双荧光素酶启动子分析实验| Dual Luciferase Reporter Gene Assay
￥3500
EZElisa™人转录调节蛋白BACH 1（BACH 1）ELISA试剂盒-EZElisa™ Human Transcription Regulator Protein BACH1, (BACH1) ELISA Kit
￥6448
EZElisa™人含WW结构域的转录调节蛋白1（WWTR1）ELISA试剂盒-EZElisa™ Human WW domain-containing transcription Regulator Protein 1 (WWTR1) ELISA Kit
￥6448
