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最近从GEO数据库下载了一个数据集GSE29609,发现里面的基因表达量值很低,且很多负值,查看数据集的一些介绍,似乎是双通道芯片分析的结果,平台上面介绍:ID_REFVALUE-INV_VALUE: normalized Cy3/Cy5 INV_VALUEnormalized log10 ratio Cy5/Cy3;看了Cy3,Cy5的channel介绍,感觉看不懂Cy3,Cy5分别是什么?还有这种双通道芯片下载的矩阵,基因表达量值是它介绍的normalized Cy3/Cy5 吗?为什么会有负值?如何处理后可以正常进行后续的差异分析及生存分析?谢谢大神指教,生信小菜鸟才接触GEO,很多不懂,麻烦赐教,必有丁当酬谢,谢谢
毛利小五郎的徒弟
我感觉你可以尝试一下进行对数转换。
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