转录组的研究
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转录组的研究
基因 表达调控的改变，通常主要的调控方式是转录水平的调控；利用基因芯片技术首先可以了解正常组织和疾病组织基因表达谱的变化，并与组织学和生化变化联系起来，因为基因表达的增加或降低可能是病理生理学的原因或结果，这一领域是基因芯片技术应用最广的一个领域。
Liau等利用cDNA芯片研究恶性胶质瘤与正常脑组织基因表达谱的差异，发现28条差异基因中19条为新基因，其中一条高表达的微粒体蛋白基因与胶质瘤生长调控有关，提示该基因在原发脑肿瘤的发病机制与恶性转变过程中有重要作用。Andoerson等用芯片技术研究胰腺癌细胞株PANC―1在具有抗增殖作用的5―B旨氧化酶抑制因子MK886诱导下基因表达谱的变化，结果显示在癌基因f―myc表达下降的同时，细胞周期蛋白D1、D1等其他癌基因的表达有上调趋势，表明肿瘤化疗在抑制某些癌基因的同时，会代偿性诱发其他癌基因的过度表达，提示是化疗无效和肿瘤耐药或抗药的机制之一。Kononen等利用基因芯片技术研究了正常前列腺组织、早期局限性前列腺癌组织和复发激素非依赖性前列腺癌组织中的基因表达差异情况，复发癌组织中IGFBP2和HSP27基因的表达明显高于正常和早期癌组织中的水平。
基因芯片在转录组中的应用除了基因差异表达分析外，还可以研究mRNA的不同剪切体。2001年，Gang和Madore等科学家首次利用基因芯片的方法来研究mRNA可变剪接。首先，针对某个基因的众多外显子分别设计一对探针，即匹配的(perfect matched，PM)和非匹配的(mismatched，MM)。这些探针在芯片上按照基因5’～3’的顺序排列，从不同组织抽提的mRNA经反转录后，与寡核苷酸芯片上的探针杂交。对数据进行矫正和处理之后，比较不同组织中同一组探针的信号差异，就能够预测可变剪接的位点。
