周末也要努力呀
看的文献里为什么转录组多用adjust-P值,而代谢组直接使用P值<0.05作为筛选差异的标准呢?如果转录组某个目标基因P<0.05但是adjust-P>0.05,可以使用P作为筛选标准而不使用调整P值?因为对这个基因特别感兴趣,是后来研究的靶点
土井挞克树
一般在样本量不足或者样本量不均等的时候需要调整p值
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这个问题可以从统计学角度来解释。在高通量数据分析中,使用调整P值是为了控制多重比较误差率(Multiple Comparison Error Rate),即当进行多次假设检验时,会出现假阳性(Type I Error)的概率增加的问题。在转录组分析中,由于基因数目较多,进行多次假设检验,因此使用调整P值是比较常见的。而在代谢组分析中,代谢产物数目相对较少,进行多次假设检验的情况比较少,因此可以直接使用P值<0.05作为筛选差异的标准。
对于您提到的特别感兴趣的基因,如果P值<0.05而调整P值>0.05,可以考虑将其作为候选基因进行进一步研究。但需要注意的是,P值只是一个统计学指标,不能单独用来说明生物学意义,需要结合生物学背景进行解释。同时,在进行后续实验验证时,也需要进行统计学校正,以控制假阳性率。
高山云初
通常情况下,显著性水平的阈值为0.05,即p值小于0.05的基因被认为是显著差异表达的基因。但是,显著性水平的阈值也可以根据实验设计和研究目的进行调整。
周末也要努力呀
谢谢,那adjust P值设置的意义是什么呢?
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