原理
一、蛋白标记
1.将染料溶人 250 μl 水中，每 10 μg 待标记蛋白中，加入 5μl 的染料溶液。蛋白质浓度不能低于 100 μg/ml。
在这样的条件下，蛋白质被标记的程度与蛋白质浓度无密切关系。虽然制造商推荐标记时的 pH 值为 9.3，但一般都在 pH 值为 7.5 的 PBS 缓冲液中进行标记。低 pH 有利于染料和蛋白质的氨基末端相连，而高 pH 值则导致染料与赖氨酸残基发生非选择性的渗入。
2.将染料和蛋白质的混合液在室温条件下孵育 30 min，使染料和蛋白质分子充分反应。
3.加入 0.1 倍体积含有 500 mmol/L 甘氨酸（pH8.0）的 PBS 终止反应，在室温条件下置于反应管 30 min。
4.用层析法或透析法除去未掺入蛋白中的染料。
若蛋白带有亲和标记（如 His6-标记或 GST-标记），用亲和层析方法，可以很方便地除去未发生掺人的染料。
二、用探针标记阵列
5.将探针缓冲液和被荧光标记的蛋白质混合后，制成探针溶液。
探针缓冲液的组分决定于被标记的蛋白质。通常缓冲液中应含有盐、去污剂和 BSA。以尽可能地避免非特异性反应的发生。另外，缓冲液中应含有还原剂、金属离子或所需的其他因子。一开始，建议使用含有 0.1% Tween-20（体积分数）和 0.01 mg/ml BSA 的 PBS（pH7.5）。被标记蛋白的最佳浓度，因不同的实验而各不相同。开始时可先采用 1 μg/ml，这对约 50 kDa 的蛋白质来说相当于 20 nmol/L。
所用缓冲液的体积由具体实验而定。蛋白质浓度范围可从 1 nmol/L~1 umol/L。
6.用带有荧光标记的蛋白质作为探针标记蛋白阵列。
单阵列玻片操作方法：
（1）将 CoverWell 玻片孵育箱放在桌子上，有衬垫的一面朝上。
（2）加入 550^1 探针标记溶液。
（3）将微阵列玻片慢慢沉下，置于 CoverWell 上方，带有阵列的一面朝下。
（4）插入玻片并轻轻压好玻片，注意要让 CoverWell 牢牢地封住玻片。
若操作正确得当，溶液会漫过玻片表面，且不会产生气泡。
多阵列玻片操作方法：
（1）对每个阵列来说，在玻片正确的一面，加上 10~30 的标记蛋白。不要用盖玻片或 CoverWell 覆盖阵列。
（2）将玻片放入一个保湿器中。
7.在室温条件下，孵育玻片 1 h。
8.用 PBST 将玻片轻微冲洗后，再用 PBST 把玻片冲洗 3 遍，每次 2~3 min。
9.用 PBS（没有 Tween-20 的）将玻片轻微冲洗后，用一配置有可放置玻片转子的离心机，在 200 g 条件下离心 30 s，以去除残留的缓冲液。
若没有合适的转子配置，也可以采用通氮气流的方法来干燥玻片。
10.用荧光玻片扫描仪检测玻片的成像（参见「10.8.4 阅读和解析蛋白质陈列）。
材料与仪器
【耗材】用于荧光标记的目标蛋白，制成蛋白质阵列的玻片；
【试剂】单功能活性染料 Cy-3 或 Cy-5，磷酸盐缓冲溶液，含有 500 mmol L 甘氨酸的 PBS，PBST 标记缓冲液；
【仪器】亲和层析设备，离心机，透析设备，荧光片扫描仪，保湿器，孵育箱，特定规格的层析设备，玻片转子；
步骤
一、蛋白标记
1.将染料溶人 250 μl 水中，每 10 μg 待标记蛋白中，加入 5μl 的染料溶液。蛋白质浓度不能低于 100 μg/ml。
在这样的条件下，蛋白质被标记的程度与蛋白质浓度无密切关系。虽然制造商推荐标记时的 pH 值为 9.3，但一般都在 pH 值为 7.5 的 PBS 缓冲液中进行标记。低 pH 有利于染料和蛋白质的氨基末端相连，而高 pH 值则导致染料与赖氨酸残基发生非选择性的渗入。
2.将染料和蛋白质的混合液在室温条件下孵育 30 min，使染料和蛋白质分子充分反应。
3.加入 0.1 倍体积含有 500 mmol/L 甘氨酸（pH8.0）的 PBS 终止反应，在室温条件下置于反应管 30 min。
4.用层析法或透析法除去未掺入蛋白中的染料。
若蛋白带有亲和标记（如 His6-标记或 GST-标记），用亲和层析方法，可以很方便地除去未发生掺人的染料。
二、用探针标记阵列
5.将探针缓冲液和被荧光标记的蛋白质混合后，制成探针溶液。
探针缓冲液的组分决定于被标记的蛋白质。通常缓冲液中应含有盐、去污剂和 BSA。以尽可能地避免非特异性反应的发生。另外，缓冲液中应含有还原剂、金属离子或所需的其他因子。一开始，建议使用含有 0.1% Tween-20（体积分数）和 0.01 mg/ml BSA 的 PBS（pH7.5）。被标记蛋白的最佳浓度，因不同的实验而各不相同。开始时可先采用 1 μg/ml，这对约 50 kDa 的蛋白质来说相当于 20 nmol/L。
所用缓冲液的体积由具体实验而定。蛋白质浓度范围可从 1 nmol/L~1 umol/L。
6.用带有荧光标记的蛋白质作为探针标记蛋白阵列。
单阵列玻片操作方法：
（1）将 CoverWell 玻片孵育箱放在桌子上，有衬垫的一面朝上。
（2）加入 550^1 探针标记溶液。
（3）将微阵列玻片慢慢沉下，置于 CoverWell 上方，带有阵列的一面朝下。
（4）插入玻片并轻轻压好玻片，注意要让 CoverWell 牢牢地封住玻片。
若操作正确得当，溶液会漫过玻片表面，且不会产生气泡。
多阵列玻片操作方法：
（1）对每个阵列来说，在玻片正确的一面，加上 10~30 的标记蛋白。不要用盖玻片或 CoverWell 覆盖阵列。
（2）将玻片放入一个保湿器中。
7.在室温条件下，孵育玻片 1 h。
8.用 PBST 将玻片轻微冲洗后，再用 PBST 把玻片冲洗 3 遍，每次 2~3 min。
9.用 PBS（没有 Tween-20 的）将玻片轻微冲洗后，用一配置有可放置玻片转子的离心机，在 200 g 条件下离心 30 s，以去除残留的缓冲液。
若没有合适的转子配置，也可以采用通氮气流的方法来干燥玻片。
10.用荧光玻片扫描仪检测玻片的成像（参见「10.8.4 阅读和解析蛋白质陈列）。
来源：丁香实验
