如何避免蛋白质谱实验中的二次污染问题

在质谱分析中，最常见的蛋白质污染物包括角蛋白和血清白蛋白。其他质谱（MS）蛋白污染物还包括酪蛋白和大肠杆菌蛋白质。

在实验中，可以通过以下方法避免将上述蛋白质污染物引入样品：1. 保持实验室清洁、减少灰尘和空气流动；2. 使用一次性过滤吸头；3. 定期清洗电泳、染色、微量离心机等设备，避免通过接触或气溶胶引入污染物颗粒；4. 穿戴洁净的实验服和手套。

注意所有的实验用品的清洁。在实验过程中，尤其是切胶的时候，一定要戴口罩，帽子，手套，穿实验服，尽可能的降低角蛋白的污染。

1. 浓缩样品:

蛋白质样品可以用沉淀，膜分离，分离柱，冷冻干燥等各种方式进行浓缩， 用户应根据样品的特点选择合适的方法共列，用SDS样品液可以从色谱样上中洗脱蛋白，从而保持样本体积小。

2. 电泳凝胶:

对于SDS- PAGE，传统的Laemmli式，三甘氨酸凝胶及其各种改进型的凝胶，如二，三凝胶或三盐酸凝胶， 都可以兼容于蛋白质鉴定。各种凝胶浓度也没有限制。用户选择凝胶的类型和浓度液，应根据对样本的分离效果好来决定。

3. 蛋白胶染色：

• Coomassie Blue, SYPRO Ruby 以及Silver stain样品均可进行蛋白的鉴定试验；

• 银染的样品有可能与后续的质谱分析不兼容，我们推荐您使用下面的产品或者实验步骤进行银染实验：

ProteoSilver Plus, Sigma (Product # PROTSIL1 or PROTSIL2)

Dodeca Silver Stain, BioRad (Product # 161-0481 or 161-0480)

• 另外，银染的样品请不要进行脱色处理

4. 液体样品：

样品准备过程中尽量减少SDS等表面活性剂的使用，并注意降低盐浓度。如果您提交IP洗脱样品，我们推荐使用HPH EB (0.5 M NH4OH, 0.5 mM EDTA) 缓冲体系进行last step蛋白的洗脱，保证洗脱缓冲体系与后续的质谱实验兼容。

4.5. 切割蛋白带:

凝胶在切割过程中应避免与手，灯箱， 或任何其他可能的角蛋白污染源直接接触。在切割蛋白胶带适应尽量避免割下空白凝胶（它可能会降低酶切的消化效率和多肽的回收率）。 将每个凝胶带置于干净的，1.5毫升的微型离心管并给每个样本小心地做上标签。

很多客户抱怨蛋白纯度无法达到要求，检测结果不理想，并且会出现莫名其妙的角蛋白峰。这是典型的实验过程中二次污染这种二次污染源就是我们的实验习惯。蛋白质谱检测中的角蛋白峰主要在染胶、脱色、切胶和酶解过程中引入的，其来源包括我们的皮肤屑，头皮屑，衣物上的动植物蛋白等，因此在试验关键操作过程中，如切胶一定要身穿实验服、佩戴手套，口置和发套在通风橱中进行;洗染胶的容器也需要 用70%的洒精清洗，再使用去离子水冲洗，实验过程专心致志，做到

快速、准确。