用于亲和层析的凝集素应根据它们结合的特异性和紧密度加以选择。例如,刀豆素 A(Con A)与糖蛋白含有的葡萄糖或甘露糖结合,而麦芽凝集素只与具 N-乙酰葡糖胺的蛋白质结合。胞膜糖蛋白常与麦芽凝集素结合,而可溶性糖蛋白却通常用 Con A 或扁豆凝集素亲和柱纯化。由于在许多情况下被纯化的糖蛋白的结构和特性不清楚,所以筛选一些凝集素与目的蛋白的结合状况常常是有用和必要的。用于此目的的凝集素试剂盒也可购
目前约 70% ~ 80% 的抗体纯化使用 Protein A/G 亲和层析法。Protein A 与 IgG 的结合强度很大程度上依赖于该抗体的种属和亚类,而 Protein G 对于大多数哺乳动物的 IgG 则有着更高的亲和力,因此,Protein G 可用于纯化不能与 Protein A 很好结合的哺乳动物单抗或多抗 IgG 的纯化。
离子交换层析(IEC)用于蛋白质分离的原理的是基于带相反电荷分子间的相互吸引力,其中蛋白质表面所带的电荷取决于蛋白质 pI 和环境 pH。蛋白质的保留时间和盐浓度决定了其与基质表面相互作用的结合位点数量。一般在低盐浓度时使蛋白质结合,而在高盐浓度时洗脱蛋白质。等度洗脱的洗脱窗口很低,因此通常以线性盐浓度梯度洗脱蛋白质。