关于chip-seq或者cut-tag的问题

飞天幻雪

2022-02-21

想研究一个新发现的转路因子在某种细胞里面调控哪些基因的表达，以前看大家都是用的chip-seq做实验室，最近不是出来了一个新的方法cut-tag吗？有没有有经验的大佬帮忙指导一下这个实验呀，我做了两次，第一次是阴性对照竟然有很强的信号，而实验组和阳性对照都信号很弱，一直不知道哪里出了问题，但如果看峰图的话阳性对照还是和实验组有区别的，也不知道最后测出来的那一堆基因是否靠谱，想请教有经验的帮忙分析一下chip-seq这个实验的要点或者有cut-tag的更好了，非常希望有研究转录调节因子功能预测与分析的行家给予经验

3 个回答

府宅

2022-02-21

有帮助

ChIP-seq可以不设置生物学重复；如果设置生物学重复，要尽可能增加重复个数。

dxy_gwrp7ndq

2022-02-21

有帮助

大多数IgG抗体与转录因子或组蛋白抗体不是来源于同一动物的免疫前血清。IgG通常能富集到很少的DNA，导致后期建库过程中PCR循环数增加，不能达到作为对照去除背景噪音的目的。Input可以很好的避免上述问题，起到去除背景噪音的作用。此外通过IP与input比较可以验证染色质断裂效果。

dxywode

2022-02-21

有帮助

ChIP-seq：利用染色质免疫共沉淀 +高通量测序研究某种蛋白质结合的基因组区域。

CUT&Tag技术的基本原理为：在抗体引导下，ChiTag酶仅在目的组蛋白修饰标志、转录因子或染色质调控蛋白结合染色质的局部进行目的DNA的片段化，同时添加测序接头，并释放到细胞外。由于绝大部分无关的染色质还留在细胞核内，因此整个实验的信噪比大幅提高，同时简化了实验步骤。该方法可一管式高通量应用，并可与单细胞测序平台“无缝”结合。ChiTag酶在打断基因组的同时加上接头，不需要繁琐的补平加A加接头，在一天内可以完成从细胞到测序文库制备全流程。