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表观遗传学研究技术概览

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问怎么提取植物组蛋白H3呢，想检测H3的乙酰化，是过一些方法沉淀太少没有办法继续做，想求个实验方法，谢谢大家。

土井挞克树

你可以参考一下这篇论文，这是小麦组蛋白提取方法的论文

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问整膜敷泛乙酰化抗体，显影70kDa marker那非常黑，求大神解答，感谢！

bamboopiggy

因为marker也是不同size的蛋白制成的mix，也会和抗体起反应，所以有黑色的条带，你用的是发光试剂显影吧？可能是你的蛋白浓度太高了，把辣根过氧化物酶给消耗干净了，所以反而没有光了，就泛白了

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问CpG位点甲基化研究

土井挞克树

你的思路可行性很高，利用甲基化来检测。

3 回答480 围观

问rna m5c甲基化

Eason老歌迷

有。BSP是甲基化检测的金标准，这里就不细说了。主要说说MSP—甲基化特异性PCR。MSP的实验过程简单来说就是提取样本中的DNA进行亚硫酸盐转换，将转换的DNA进行定量PCR，由此来确定特异基因甲基化修饰，这样就可以实现你需要的某个特定基因甲基化检测。

1 回答480 围观

问在质粒的双酶切以及回收中，为什么DNA的甲基化程度会影响核酸限制性内切酶的活性？

未来9

DNA甲基化以后，就不再被限制性内切酶识别和切割。

3 回答653 围观

问甲基化问题

土井挞克树

因为他们两个是负相关🤔，所以表现出相反的反应。

3 回答346 围观

问为什么染色质免疫共沉淀的时候，抗体加多了反而免疫效率低了？

府宅

抗体过多，会使假阳性信号增多，影响免疫效率

3 回答327 围观

问消化的染色质浓度过低怎么处理？

丁香实验

如果染色质制备物的 DNA 浓度接近于 50 μg/ml，则向每次 IP 中添加额外的染色质以确保每次 IP 至少产生 5 μg，然后继续实验。②在交联之前计算备用平板上细胞的数量，以确定准确的细胞数量，在声波处理前后在显微镜下观察胞核，以证实胞核完全裂解。

1 回答322 围观

问染色质为什么要片段化，片段化长度是多少

府宅

一般片段化的大小在200-1000bp，一般300-600bp均能获得较好的ChIP结果。如果小于200bp的话，蛋白的结合位点很有可能被打断，原因是由于每个核小体结合DNA的序列长度为175bp，加上不同核小体间的linker DNA序列，这样每个核小体结合DNA的最小序列大概在200bp左右，如果片段长度大于1000bp，您将会分离获得包含目标序列的DNA，但所要研究的蛋白可能会离您目标序列有

2 回答624 围观

问染色质为什么要片段化？片段化的长度为什么是200-1000？片段化过度或不足对实验会有什么影响？

bamboopiggy

你说的是做chip吧？chip是要把染色质打断,好让你的目的蛋白和dna更好的结合，太长了构象复杂，不利于蛋白质和dna的结合，一般打的片段，在200-1000bp之间，就可以。太小了，可能结合不好。

3 回答540 围观

问染色质消化不足且片段过大（大于 900 bp）怎么处理？

丁香实验

①确定甲醛浓度，将交联时间缩短至 10 分钟或更短。②在交联之前计算平板上细胞的数量，以确定准确的细胞数量；③适当延长染色质消化时间。

1 回答266 围观

问染色质免疫超声时片段不碎该如何解决？

bamboopiggy

先确定你的超声破碎仪的参数是对了没有，然后做预实验，把你超声后，跑胶的图发上来看看，那个是看不到很清晰的条带的，都是些smear的band

3 回答402 围观

问请问用trizol提取的DNA可以用于表观修饰的实验吗？（如甲基化、CHIP等）

Guoood

可以使用传统trizol 法提取DNA进行甲基化等表观遗传实验，用试剂盒纯度和浓度反而不如trizol 法

5 回答474 围观

问ChIP实验中使用超声方法断裂染色质温度不易控制，可能会使蛋白变性，影响ChIP结果，有没有较好的优化方案？

dxywode

目前，市面上有很多打断仪器是可以持续控制温度在指定温度的。也就是说可以将温度控制在一个比较冷的环境中，这样可以减少你所说的蛋白质变性的可能。同时在打断时可以选择间断循环打断。就是可以减少打断的时间，增加打断的循环数，从而达到同样的打断效果和降低蛋白变性的可能性。

2 回答453 围观

问关于chip-seq或者cut-tag的问题

府宅

ChIP-seq可以不设置生物学重复；如果设置生物学重复，要尽可能增加重复个数。

3 回答520 围观

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