染色质为什么要片段化？片段化的长度为什么是200-1000？片段化过度或不足对实验会有什么影响？

确保蛋白/DNA 复合物更容易与抗体起反应

200-1000bp是为了保证实验良好的精度

片段化过度或不足可能会导致ChIP实验的失败

片段化的目的是确保高分子量染色质的蛋白质/DNA复合物是可溶的，能被ChIP抗体接近；为确保染色质免疫共沉淀（ChIP）实验有良好精度，片段化如果小于200bp就是片段化过度，蛋白的结合位点被打断，本来存在的结合就结合不了，如果过度片段化可能破坏抗原表位降低PCR效率

如果片段长度大于1000bp，会分离获得包含目标序列的DNA，但所要研究的蛋白可能会离您目标序列有700个核苷酸的距离；导样本丢失，假阴性。

片段化的目的是确保高分子量染色质的蛋白质

/DNA

复合物是可溶的，

能被

ChIP

抗体接近；为确保染色质免疫共沉淀（

ChIP

）实验有良好

精度，一般片段化的大小在

200-1000bp

，一般

300-600bp

均能获得

较好的

ChIP

结果。如果小于

200bp

的话，蛋白的结合位点很有可能

被打断，原因是由于每个核小体结合

DNA

的序列长度为

175bp

，加上

不同核小体间的

linker DNA

序列，这样每个核小体结合

DNA

的最小

序列大概在

200bp

左右，如果片段长度大于

1000bp

，您将会分离获

得包含目标序列的

DNA

，但所要研究的蛋白可能会离您目标序列有

700

个核苷酸的距离；如果过度片段化可能破坏抗原表位降低

PCR

效

率，片段化不全导致样本丢失，可能会获得假阴

你说的是做chip吧？chip是要把染色质打断,好让你的目的蛋白和dna更好的结合，太长了构象复杂，不利于蛋白质和dna的结合，一般打的片段，在200-1000bp之间，就可以。太小了，可能结合不好。