在质粒的双酶切以及回收中，为什么DNA的甲基化程度会影响核酸限制性内切酶的活性？

DNA甲基化以后，就不再被限制性内切酶识别和切割。

DNA甲基化：几个DNA分子在识别位点被甲基化，使它们对某些限制酶的切割具有抵抗性。例如，大多数大肠杆菌菌株表达Dam或Dcm甲基转移酶，其分别甲基化特定的识别位点而形成G6mATC和C5mCA/TGG。G6mATC对Mbo I的切割具有抵抗性。

甲基化酶不属于限制性修饰系统，但是他们识别的序列和有些内切酶的识别位点重合，从而抑制了这些酶的酶切功能。比如XbaI的识别序列TCTAGA，如果在该序列前面有GA紧邻或者该序列后面有TC接着，那么Dam的甲基化作用会使得XbaI切不开该位点。相反地，DpnI酶切要发挥活性则需要DNA发生甲基化。DpnI酶在定点突变中是一个很常用的酶，它一般用于老的DNA模板的去除。而这些老的DNA模板需要从dam+的大肠杆菌中提取才行，这样提取的DNA质粒上的GATC序列会带上甲基化修饰，刚好可以被DpnI酶给消化掉。而通过PCR扩增出来的新的DNA模板则会被保留。