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科研学霸天团，48小时有问必答

问请问生信分析是选GO&Kegg还是GSEA？

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问nhanes数据库脂肪肝FLI计算

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问大佬们，想问问提取上清液的分泌蛋白之后怎么测得它的基因组序列蛋白质序列呀

毛利小五郎的徒弟

提取后离心纯化，然后做免疫组化测蛋白序列

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问seer数据库使用疑问

huarenqiang5

建议按以下步骤试试：官网地址：https://seer.cancer.gov/ 数据库的使用权限1.进入官网，【SEER Data&Software】<【How to Request Data Access】2.点击【Continue to Request Form】3.机构账户点击左边，非机构账户填写好邮箱后点击右边。4.出现申请页面：信息填写好后点击【Sumbit

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问mimic数据库评分？

毛利小五郎的徒弟

可以做一个评分的统计模型，把数据库的变量纳入模型，然后进行评分。

3 回答85 围观

问如果在GEO数据库中没有找到GEO2R该怎么处理数据呢

龙大人驾到

如果在GEO数据库中找不到geo2r数据，可以使用已有的数据库（如NCBI的Gene Expression Omnibus），或采用相关的分析工具，如R和Python，来处理数据。在这种情况下，可以采用统计学方法（如对数变换，标准化等）对数据进行处理，从而得到归一化的数据。

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问Encode数据库中样本表达量中的-R代表什么？

毛利小五郎的徒弟

一般是你研究的RNA的可检测量，这个量可以与理论量进行对比。

2 回答63 围观

问请问这个Pr(＞F)就是P值吗?也就是基因A与分期无关，基因B与分期有关?

loveliufudan

Pr(>F)是F检验的P值，是表示两个比较组间差异显著性的概率值。如果Pr(>F)值越小，那么两个组间的差异就越显著，反之则越不显著。一般来说，当Pr(>F)小于0.05时，我们认为两个组间的差异是显著的。如果基因A的Pr(>F)值很大，那么我们可以认为基因A与分期无关，也就是说基因A在不同分期之间的表达量没有显著差异；而如果基因B的Pr(>F)值很小，那么我们可以认

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问请问有没有可以查某一种肿瘤组织与正常组织总体RNA甲基化水平差异的数据库?

loveliufudan

一些常用的数据库包括：The Cancer Genome Atlas (TCGA)：提供了大量关于肿瘤基因组的数据，包括RNA甲基化水平差异数据。GEO (Gene Expression Omnibus)：是一个基因表达数据库，提供了大量的基因表达数据，包括RNA甲基化水平差异数据。Oncomine：是一个肿瘤基因组数据库，提供了大量关于肿瘤基因组的数据，包括RNA甲基化水平差异数据。cBioPo

2 回答136 围观

问请问大家数据库p值有e是什么意思？还有＜?如果用于发文章的话这个p值应该怎么标呢？就直接用数据库给的这个吗？

dxy_9rkll7e2

科学计数法而已，E-6表示10的-6次方

3 回答208 围观

问不同GPL的GEO测序数据集可以合并吗？

kingh39

可以合并，但是要消除批次效应，也可以在差异分析后取差异基因的交集。

4 回答242 围观

问Mplus软件运行二次线性增长模型

毛利小五郎的徒弟

建议你把变量的类型换成数值型再尝试一下。

2 回答571 围观

问请问大家seer plus数据库有病理的信息吗

毛利小五郎的徒弟

seer plus一般病理比较少，需要病理的话有专门的病理数据库。

2 回答87 围观

问从geo数据库下载的表达矩阵是totle rna ，需要手动去除mir，lnc开头的吗

kingh39

如果你是需要蛋白编码的基因，在注释的时候就可以去除。

3 回答98 围观

问求助:关于TCGA数据库样本问题

Piccccbo

TCGA没有血液样本数据，可以用CanGEM数据库

2 回答85 围观

问NCBI上小鼠瘦素全长mRNA的GenBanK格式页面

毛利小五郎的徒弟

1、进入NCBI主页，在下拉框中选择GENE，然后输入p53，点击进入，出现摘要页面，选择物种Mus musculus（在右边物种栏），更新摘要页面，选择你想要的基因，点击后进入基因的报告页面，点击右侧的reference sequence，下拉找到genomic sequence 点击genbank链接，进入该基因的序列描述页面，找到CDS选项，就是这个基因的编码全长序列。2、或者，进入NCBI

2 回答119 围观

问求助：生物信息学分析has-miR-107的启动子甲基化情况的网址或软件名

毛利小五郎的徒弟

试一试这个论坛：Biostar生物信息技术问答论坛：https://www.biostars.org

3 回答1008 围观

问生信分析

huarenqiang5

富集后有上调和下调是没有什么问题的

3 回答141 围观

问我的0002是下游，0001是上游，为什么拼接后是下游先显示，上游后显示，怎么取结果

Piccccbo

上下游反了，就是你拼接完引物后，重新扩增配对碱基后是互补的，3‘和5’端搞反了

4 回答96 围观

问在GEO数据库下载的数据突然不公开了？

Piccccbo

已经被更改为私人private状态，不是共享状态；要不你下载后自己分析依旧可以使用，或者按第三点联系owner的邮件；

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