免疫疗法是当前肿瘤治疗领域的大热门，并在肿瘤治疗中展现出极佳的效果，嵌合抗原受体 T 细胞疗法（CAR-T）更是其中的重要代表。CAR-T 疗法为癌症治疗注入了活力，尤其是对患有某些血液类癌症。遗憾的是，尽管 CAR-T 在治疗血癌方面效果显著，但目前的 CAR-T 疗法仍有一些局限性。其一是 CAR-T 细胞只能杀死含有它们设计来识别的标记物的癌细胞，癌细胞可以通过变异来「逃避」这种治疗。其二是 CAR-T 细胞可能会「耗尽」——甚至会被癌细胞本身抑制。最后，现有的 CAR-T 细胞大多只对血癌有效，对肺癌、乳腺癌等发病人数更多的实体瘤无能为力。2021 年 12 月 30 日，美国纪念斯隆-凯特琳癌症中心的研究人员在 Nature 子刊 Nature Chemical Biology 上发表了题为：Engineering CAR-T cells to activate small-molecule drugs in situ 的研究论文。该研究开发出了一种新的 CAR-T 细胞——SEAKER 细胞（ synthetic enzyme-armed killer cells，合成酶武

肝内胆管癌（iCCA）是第二常见的原发性肝恶性肿瘤，当前手术切除率低，同时缺乏有效的靶向/免疫治疗方案。肝内胆管癌具有高度异质性的基因组突变和肿瘤微环境，可能介导其高侵袭性和不良预后。因此，迫切需要对 iCCA 进行「鸟瞰式」研究，绘制其精确的分子图谱，为系统理解肝内胆管癌异质性及实现个体化治疗提供理论依据。 2021 年 12 月 30 日，Cancer Cell 杂志在线发表了中国科学院上海药物研究所周虎研究员与复旦大学附属中山医院樊嘉院士和高强教授、中国科学院分子细胞科学卓越创新中心高大明研究员合作的题为 Proteogenomic characterization identifies clinically relevant subgroups of intrahepatic cholangiocarcinoma 的最新成果。 该研究对 262 例 iCCA 患者的肿瘤组织进行了蛋白基因组学分析，通过整合基因组、转录组、蛋白质组、磷酸化蛋白质组等多维度数据，为肝内胆管癌的发生发展机制、分子分型、预后监测和个性化治疗策略提供了新思路。 科研人员首先分析了 TP53、KRAS、FG

导读指纹，泛指人手指和手掌部的皮肤花纹。中国是公认的指纹运用发源地，据现有史料记载，指纹的运用始于唐朝，而指纹学作为独立学科，于 19 世纪在欧洲兴起，英国学者高尔顿的《指纹学》一书中提出了三个影响重大的科学论点：1. 指纹终生不变；2. 指纹可识别；3. 指纹可分类。在中国，指纹更是被赋予了更加神奇的功能，从「一斗穷，二斗富，三斗四斗卖豆腐，五斗六斗开当铺，七斗八斗坐着走，九斗十斗享清福」这一俗语中可见一斑，换言之，指纹上的「斗」（环型纹路）和「簸箕」（非圆条纹）甚至被认为隐藏着人的命运。尽管指纹的进化可能是为了帮助抓握以及表面纹理的感知，但目前指纹被广泛用于个人识别，主要是因为指纹图案对每个人来说都是独一无二的，从出生开始就存在，而且不会随着寿命而改变。通常情况下，指纹图案被分为 3 种类型：弓型、环型和螺旋型。从发育的角度来讲，妊娠第 14 周，胎儿手指上已经出现指纹。然而，指纹图案和整个指纹特征是如何形成以及其内在的生物学机制在很大程度上还不清楚，是否有某些基因在其中发挥了主导作用也是未知的。2022 年 1 月 6 日，中科院上海营养与健康研究所汪思佳研究员团队、复旦大学金力

每日在科研中奋战的你们，遇到难题的时候是去饱餐一顿美食还是戴上耳机听一首歌呢？据说每当爱迪生的发明碰壁时，他就会躺在扶手椅上打盹，同时手里握着一个钢球。当他逐渐入睡，肌肉放松时，手里的钢球滑落到地板上发出响声，将他从睡梦中唤醒并赋予他「顿悟」时刻。100 多年后的今天，科学家们在实验室里重复了这一听起来有些离奇的把戏，证实了这位著名的发明家的做法真的切实可行，并以 Sleep onset is a creative sweet spot 为题发表在 Science Advances 杂志上。遵循爱迪生的方法，受试者解决数学问题的成功率增加了两倍。这一诀窍成功的关键是必须在睡眠和清醒之间的过渡期（即深度睡眠之前）醒来。并未参与到这项研究的西北大学的认知神经科学家 Ken Paller 评价道：「这是一项了不起的研究。」他指出，既往的研究已经证实完成深睡眠阶段有助于创造力的提升，而这项研究是第一次详细探讨睡眠起始期及其在问题解决方面的作用。在睡眠过渡时期，我们既非完全清醒，且尚未进入深度睡眠。它可能发生在我们开始打瞌睡的那短短一分钟内。我们的肌肉开始放松，我们开始进入如梦似幻的半梦半醒状态

1. Cell Reports：尿液蛋白助力区分轻重型新冠肺炎 鉴定尿液分子表型有利于迅速诊断新冠病毒的变异程度。 2021 年 12 月 27 日，西湖大学生命科学学院郭天南团队在 Cell Reports 杂志发表了研究论文 Proteomic and metabolomic profiling of urine uncovers immuneresponses in patients with COVID-19。 该研究表明新冠肺炎病人的尿液能够灵敏地反映机体的病理状态，利用蛋白组学和代谢组学技术从尿液中筛选出 20 个蛋白质标志物并建立模型，达到了对新冠患者进行轻重型分类预测的目的，并指出病毒可能损伤新冠肺炎病人的肾脏健康！图 1：来源 Cell Reports 2. Cell：解析中国松的基因密码 亭亭山上松，瑟瑟谷中风。中国松一直是诗人们称颂的绝佳对象。 2021 年 12 月 29 日，北京林业大学生物科学与技术学院副教授钮世辉联合多个团队联合在 Cell 杂志发表论文 The Chinese pine genome and methylome unveil key fe

这个世界处处充满着竞争，在子宫的胚胎中早已经暗流涌动。也许你根本想不到，你在「母胎」之中获得的营养，其实是父亲和母亲基因竞争的结果。这更像是一场拔河比赛，一场基因组层面的两性之战。 2021 年 12 月 27 日，来自英国剑桥的 Miguel Constância 团队在 Development Cell 杂志上发表了题为 The imprinted Igf2-Igf2r axis is critical for matching placental microvasculature expansion to fetal growth 的研究性论文，揭示了从父亲和母亲那里继承的基因之间的拉锯战：胎儿产生的 IGF2 控制妊娠晚期胎盘血管树的扩张，胎盘血管对 IGF2 的反应是由一种称为 IGF2R 的蛋白质介导的。 产生 IGF2 和 IGF2R 的两个基因是印记基因：只有从父亲那里继承来的 igf2 基因拷贝是活跃的，而只有从母亲那里继承来的 igf2r 基因拷贝是活跃的，从而使更多的营养物质从母亲传递给胎儿。这项在小鼠身上进行的研究可能有助于解释为什么有些婴儿在子宫内发育不良。图

导读在我们进食时，富含能量的脂肪和葡萄糖会进入血液，正常情况下，它们会调动体内的胰岛素，然后胰岛素通常将这些营养物质输送到肌肉和脂肪组织的细胞中供能或者被储存起来以备后用。100 年前，胰岛素的发现为数百万糖尿病患者打开了一扇通向生活和希望的大门，从那时起，胰腺产生的胰岛素就被认为是治疗糖尿病的主要手段。然而，对于有胰岛素抵抗的人（如 2 型糖尿病患者，其特征是慢性高血糖和血脂异常）来说，胰岛素无法发挥抑制肝内葡萄糖生成（Hepatic Glucose Production, HGP）和脂肪分解的功能。因此，葡萄糖并不能被从血液中有效去除；此外，不受调节的脂肪分解导致游离脂肪酸（FFAs）在肝脏、肌肉和胰岛等外周代谢组织中异常积累，而且这些额外的脂肪酸还会加速肝脏的葡萄糖生成，使得原本已经很高的葡萄糖水平更加复杂。前期的研究发现，成纤维细胞生长因子 1（FGF1）在适应性脂肪重塑中发挥重要的作用，能够适当地改造脂肪组织。此外，FGF1 还以 FGF 受体 1（FGFR1）依赖的方式快速降低糖尿病小鼠模型的血糖水平，然而，其根本的机制尚不清楚。2022 年 1 月 4 日，美国加州萨尔克

类风湿关节炎（RA）是一种以滑膜增生和炎症为特征的自身免疫性疾病。在血清阳性 RA 中发现自身抗体表明，由于关节中局部存在免疫复合物，补体系统激活可能发挥病理生理作用。尽管在开发类风湿关节炎新疗法方面取得了巨大进展，但目前尚无基于补体系统的疗法被批准用于临床治疗。来自美国科罗拉多大学安舒茨医学院、英国威廉哈维研究所实验医学和风湿病学中心、伦敦玛丽女王大学伦敦医学和牙科学院和卡迪夫大学医学院的研究人员，为了探索特定补体因子在早期类风湿关节炎中的作用机制及其临床应用可能性，对于PEAC（早期关节炎病理研究项目）的样本进行了研究。这项研究主要（1）检测了补体激活途径、受体和调节基因的表达，以及它们与滑膜和血液中 DAS28-ESR（关节疾病活动评分）临床疾病严重程度 的相关性的研究。（2）使用 Akoya Biosciences PhenoImager 8 色多重荧光免疫组化方案，检测了滑膜中关键蛋白的局部表达和病理生理变化，揭示了可能促进局部补体激活的激活和抑制因子的区域改变的重要证据。表 I. 分析补体和 FcgR 基因在PEAC研究项目样本血液和滑膜粘液中的表达水平研究发现作为临床疾病

知名制药企业，CRO 公司，研究所等多家著名机构以多重免疫荧光整体方案为主要方法，对三个不同类型癌症患者的独立样本进行大规模回顾性分析，发现：(1) 较高密度的三级淋巴结构 (TLS) 的高密度性与 CD8+ T 淋巴细胞肿瘤浸润密度相关，是细胞杀伤性免疫反应激活的特征;(2) B 细胞和成熟 TLS 可预测接受免疫检查点抑制剂治疗的患者的预后;(3) 泛肿瘤/“肿瘤不可知”生物标志物：TLS 在 11 种不同肿瘤类型中的存在与 PDL-1 轴阻断功效相关；(4)为了更可靠地评估 TLS 成熟度，需要对 CD8、CD4、CD20、CD21 和 CD23 进行多参数分析。阻断 PD-1 受体与其主要配体 PD-L1 之间的相互作用具有显著抗癌作用，已有多种抗 PD-1 或抗 PD-L1 药物被批准用于多种实体瘤治疗。然而，大多数接受抗 PD-1 或抗 PD-L1 单克隆抗体的患者并没有从中获益。 免疫组织化学、肿瘤突变负荷 (TMB) 和微卫星不稳定性状态评估的 PD-L1 表达状态是迄今为止唯一被批准用于指导抗 PD-1 治疗的伴随诊断标志物。这些方法并不能有效区分出可能通过抗 PD-

越来越多的证据表明多重荧光免疫组化 (multiplex immunohistochemistry, mIHC)，又称多重免疫荧光 (multiplex immunofluorescence, mIF) 技术的稳健性和预测价值。利用多重荧光免疫组化（mIHC）/ 多重免疫荧光（mIF）进行多重成像的空间生物标志物分析有望在发现研究和临床阶段的研究中得到广泛采用。 越来越多的实验室报道正在使用 Opal 多重荧光免疫组化优化为可重复的工作流程，为该技术的稳健性和预测价值提供了很多证据。我们在这里介绍收集到的一些经验和最佳实践，建立可重复的工作流程的四个关键步骤，包括抗体组合开发、染色、图像采集和分析，可节省研究人员的时间，并最终提高药物发现和开发的效率。 1. 建立最佳抗体组合使用 Opal 多重荧光免疫组化工作流程准确、可重复地鉴定组织中的不同细胞群及其关系，需要仔细设计、开发和优化用于多重生物标志物定量的抗体组合[1]。a 从预先设计的抗体组合开始要选择在多重荧光免疫组化中具有高灵敏度、特异性、再现性和优异性能的可识别所需靶标的抗体似乎并不那么容易。市面上可提供一些商品化的预先设计、

2022 年 1 月，权威期刊《Cell》子刊《Cancer Cell》（影响因子 31.743）杂志第一期刊登了来自国内团队复旦大学樊嘉院士、上海药物研究所周虎研究员、分子细胞科学卓越创新中心高大明研究员、复旦大学高强教授课题组等联合研究成果“Proteogenomic characterization identifies clinically relevant subgroups of intrahepatic cholangiocarcinoma”, 他们对来自 262 例肝内胆管癌患者肿瘤组织的基因组、转录组、蛋白质组等进行多组学联合分析，绘制了肝内胆管癌的多维分子图谱，为肝内胆管癌的精准治疗策略开发提供了新的技术思路。肝内胆管癌（ICC）是具有极大危害的原发性肝脏恶性肿瘤，并且手术切除率低且缺乏有效的靶向和免疫治疗方案，对人类健康造成极大危害。研究表明肝内胆管癌具有高度异质性肿瘤微环境和基因突变，导致其具有高度侵袭性和不良预后。基于临床大样本的蛋白组为核心的多组学研究策略以全景视角揭示肿瘤的分子特征和潜在治疗策略。文中基于 PhenoImager 多色荧光技术方案对于肿瘤样

免疫检查点抑制剂（ ICI ）的发展带来了癌症治疗的一场革命。尽管从历史上看，肉瘤是第一种免疫疗法与临床获益相关的肿瘤类型，但这些 ICI 均未获批准用于治疗肉瘤患者。结合多项 PD-1/PD-L1 靶向治疗晚期肉瘤研究结果，在未经选择的人群中，临床获益非常有限。 来自法国波尔多大学、尼斯大学医院中心、贝尔戈尼研究所等多家研究机构和Explicyte的学者们联合报告了一项创新的生物标志物驱动的临床试验，该试验使用 TLS 作为生物标志物来选择癌症患者接受 ICI 治疗。富含 TLS 的队列的缓解率和 PFS 均显著高于 PEMBROSARC 研究的先前所有患者队列（分别为 30% 对 2% 和 4.9 对 1.5 个月）。这些结果与此前对 SARC028 研究中肿瘤样本的回顾性分析结果一致，表明晚期软组织肉瘤（STS） 中 TLS 的存在是一种潜在的预测生物标志物，可改善患者对派姆单抗治疗的选择。在PEMBROSARC 研究的临床试验设计中，研究者基于600 多个 STS样本的转录组数据定义了一个“高免疫”的肉瘤亚组，并使用多色免疫荧光验证样本中的肿瘤内 TLSs的组织特征，增加了一个

当前乳腺癌的发病率居所有女性恶性肿瘤首位，根据世界卫生组织国际癌症研究机构（简称 IARC ）发布的《2021 年全球最新癌症负担》数据，全球乳腺癌新增人数达 265 万，已超越肺癌成为“全球第一大癌症”。目前乳腺癌的主要治疗方式有手术治疗、化学药物治疗、放射治疗、内分泌治疗及靶向治疗等，然而这些治疗手段并不能让所有患者都能有效获益，因而创新药物的研发与上市对于提高乳腺癌患者生存期，改变乳腺癌治疗格局具有深远意义。肿瘤相关巨噬细胞（tumor-associated macrophage，TAM）是肿瘤组织中浸润的巨噬细胞，主要由单核细胞分化而来。肿瘤细胞分泌的 CSF1、CCL2 等趋化因子能募集外周循环血中的单核细胞到肿瘤微环境（tumor microenvironment，TME）中，继而单核细胞分化成巨噬细胞。肿瘤组织中有大量炎症细胞浸润，包括TAM、淋巴细胞、肥大细胞等，其中 TAM 是最主要成分。巨噬细胞浸润是实体肿瘤的重要标志，然而TAM 在表型和功能上是异质的。前期研究表明 TAM 会造成肿瘤的预后不良。近日来自法国 PSL University，英国 The Unive

单细胞是流式细胞术对细胞进行分析检测的前提条件。在应用流式细胞术中，制备出合格的分散单细胞是流式细胞术样本制备技术中重要的一环。它既要求组织分散成为单个细胞，又要维持细胞的固有生物化学成分及生物学特性。

Annexin V 是一种钙离子依赖性磷脂结合蛋白，与磷脂酰丝氨酸 PS 有高度亲和力，可通过细胞外侧暴露的PS与凋亡早期细胞胞膜结合，将 Annexin V 标记上荧光染料利用流式细胞仪或荧光显微镜可检测细胞凋亡。

空白对照，即不添加任何荧光染料的对照管。设置空白对照，是为了区分细胞本底的自发荧光，及判断药物处理等外界因素是否会额外引入自发荧光。此外，空白管细胞为可能存在的最负阴性总群体的位置，能辅助电压的调节，避免上机时因电压过低导致的阴性细胞群压线。单阳对照即单阳管，是只添加一种荧光抗体的样本管。多色流式实验中，由于荧光素的发射波长覆盖范围较广，荧光可能产生重叠，对实验结果的数据分析造成一定的干扰。此种情况下，我们通常会设置单阳管进行补偿调节。同时，单阳管还可以辅助我们调节通道电压，防止信号超出接收范围。一般来说，实验panel有几种荧光，就需要设置几个单阳管。同型对照（Isotype Control），是指与使用的流式抗体具有相同种属来源、亚型、荧光标记物、使用剂量和浓度，但对目标靶点无特异性结合的抗体。同型对照通常用来消除抗体的非特异性结合造成的背景染色。FMO 对照是 Fluorescence Minus One（荧光扣除一）的缩写。在多色实验中，可能会出现某些通道信号难以区分的情况，主要原因是其他某个荧光对该通道的干扰很大，不能使用未染色的空白对照或全部用同型对照来设门。要记住，每增加

第一步、根据实验目的，选择目标 Marker。通过阅读相关文献，了解您实验需要选择哪些 Marker，以及这些 Marker 之间的逻辑关系（圈门的父子关系，比如 T 细胞CD3 是「父」，而 CD4 或者 CD8 就是子」）。这里列举了一些常见的细胞标志 Marker： 第二步、确认 Marker 的表达位置。对于细胞质或者细胞核的 Marker，需要对细胞进行固定破膜/破核膜。在做胞质或胞核 Marker 染色实验操作时，需要先染细胞表面 Marker，再对细胞进行固定破膜，最后对胞内或核内 Marker 染色。此时细胞表面的 Marker 尽量避免使用串联染料，因为「固定」容易对串联荧光素造成影响。一般来说，绝大部分 CD 分子指标，都是细胞表面指标；IL 白介系列、IFN-γ、TNF-α 等，属于胞内指标；而最常见的核内染色指标是 Foxp3。确认 Marker 表达位置的同时，我们还需要了解 Marker 的表达量。流式配色基本原则第一条是「强弱搭配」，我们需要通过表达量的强弱，来搭配荧光素的弱强。通常，根据待测细胞类型中，相应抗原的表达量，可以粗略地将抗原分子分为三类：1.

流式配色遵循以下基本规则：强弱搭配、选择干扰少的荧光组合、使分析的复杂程度降到最低、谨慎使用串联染料、注意环境因素对荧光素的影响。

一、样本准备详见流式细胞术样本制备技术、流式实验样本制备方法及注意事项收集细胞，200 目筛网过滤，收集滤液，300 g 离心 5 min，弃上清向细胞中加入适量细胞染色 buffer（或含 1%BSA 的 PBS），用移液枪轻轻吹打细胞重悬 二、细胞计数用血球计数板或其他仪器对悬液进行计数后，调整细胞浓度约为 1 × 107/mL 三、设置实验分组四、封闭 Fc 受体封闭 Fc 受体能减少染色过程中的非特异性染色。小鼠中，纯化的 CD16/CD32 单抗能和 FcγRⅢ/Ⅱ 结合，封闭非特异性染色，使阴性细胞的背景荧光降至未标记细胞的水平。加入 0.5-1 μg 纯的抗小鼠 CD16/32 单克隆抗体，室温孵育 10 分钟。对于人和大鼠，可直接使用过量的，与荧光抗体相同来源和亚型的纯化 Ig 或者与目标种属相同来源的血清进行阻断，或者用商业化的 Fc 受体阻断剂。 五、细胞染色按照说明书的推荐用量加入荧光标记抗体，混匀后置于 4℃，避光孵育 30 分钟。加入细胞染色 buffer (或含 1%BSA 的 PBS)重悬细胞，300g 离心细胞悬液 5 分钟，弃掉上清。加入 200μL

在《空间表型特征：表征实体肿瘤和预测免疫治疗反应的新型生物标志物》白皮书中介绍了基于 mIF 的空间表型特征作为新一代生物标志物发现的案例，意义和价值。