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[分享]冷泉港实验室PCR Primer上关于real-time的一节

关于REAL-TIME引物设计和探针选择, 附有三种常用探针的介绍网址,希望对大家有用1.The design step: the selection of PCR primers and probes2.Choice of detection method (SYBR Green or a fluoresent nucleic acid probe) for the real time PCR.Generally, real time PCR with SYBR green is used to optimize primers and is principa ...

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PCR扩增出非特异带但无特异带,是不是引物的特异性不好?

欲通过RT-PCR检测一种基因的不同剪接异构体表达情况,在文献(cancer research, oncogene)中查到的两对引物序列如下:P1 5' atg agg atc cca tgg gcc agc a 3'P2 5' aag ggc ttt tca ctt gtt tta c 3'P1 5' atg agg atc cca tgg gcc agc a 3'P3 5' aag ggc ttt tca cct gta tga g 3'RT用的是MBI的试剂盒,反应体系20ul:总RNA 4.0 ug, oligo 1 ul,M-Mulv 1 ul,反应条件为70℃5分钟,37℃5分钟,42℃60分钟,70℃1 ...

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为什么我扩增的PCR产物达不到预期的长度

理论上应该扩增出超过2kb的片段,但每次得到的PCR产物都只有700多bp,跟这个基因的cDNA长度类似。换过好几个模板,得到的结果都相同。上游引物:CATGAGCTACATCAATCTGCCC下游引物:AGTCCAACCTGGGTAGGAGGenebank上查到的序列:小鼠胸苷激酶(tk)基因M684891 ccatggcaga tccggaggga tggtcgagct ccaggctttt cacgtagctg agaggt ...

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常用引物序列:奉献给大家

RT-PCR引物序列 基因来源 引 物 序 列 产物大小(kb)β-actin 人 有意义链CCTCG CCTTT GCCGA TCC 反义链GGATC TTCAT GAGGT AGTCA GTC 0.62 kbβ-actiundefined 大鼠 有意义链TACAA CCTCC TTGCA GCTCC 反义链GGATC TTCAT GAGGT AGTCA GTC 0.62kbβ-actin 小鼠 有意义链GTCGT ACCAC AGGCA TTGTG ATGG反义链GCAAT GCCTG GGTAC ATGGT GG 0.49 kbGAPDH 人 有意义链 GGTGA AGGTC GGAGT CAACG ...

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Real-Time RT-PCR

Real-Time RT-PCRhttp://www.ambion.com/techlib/basics/rtpcr/by Subbu Dharmaraj, MSRT-PCR (reverse transcription-polymerase chain reaction) is the most sensitive technique for mRNA detection and quantitation currently available. Compared to the two other commonly ...

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恳请相助:Taq man引物和探针设计

实验要求为:用实时荧光定量PCR检测损伤前后大鼠某一基因的表达变化,选用Taq man法,从ncbi中查到基因cDNA序列如下:(基因编号:NM_053613)1 atgaagaggg cgtcctccgg aggaagccgg ctgccgacat gggtgttatg gctacaggcc61 tggagggtag caacgccctg ccctggtgcc tgtgtgtgct acaatgagcc caaggtcaca121 acaagccgcc ccca ...

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【分享】PCR Primer Design (Methods in Molecular Biology) 下载

因为之前有个帖子,邮箱中的资源被不良的人删掉了,所以特发此贴。rayfile地址:http://www.rayfile.com/files/098fe2ee-891e-11dd-9cdc-0014221b798a/不会下的可以留下邮箱号我发给你。Publisher: Humana PressNumber Of Pages: 431Publication Date: 2007-08-02ISBN-10 / ASIN: 158829725XISBN-13 / EAN: 9781 ...

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请教16SRNA序列问题

请人测了一株菌株的16SRNA序列,给了两段序列。使用Blast 分别检索后,结果不能确定到种,因而想用完整的序列进行检索,由于我不太熟悉序列分析,请朋友帮我看一下这两段能否组成一个完整的序列。1205013.S1.1541RCCTTCGATCGGCTACCTTGTTACGACTTCACCCCAATCATCTGTCCCACCTTAGGCGGCTGGCTCCAAAAAGGTTACCCCACCGACTTCGGGT ...

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【分享】几篇Real-PCR牛文

帮朋友发个帖子,他刚进实验室,PCR实践技术还在摸索中,找了以下这些文章来学习,不看不知道,一看吓一跳,这些用Real-PCR做出来的研究好些都发了不错的杂志,影响因子都比较高的,可惜我这边没有权限下载全文,哪位朋友帮帮忙,下载几篇全文吧,本人不胜感激!!!1. 标题: Quantitative analysis of cell-free Epstein-Barr virus DNA in plasma of patients with nasopharyngeal car ...

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【旧贴整理】原位杂交的探针

1.PCR引物序列来做原位杂交的探针序列http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=67&id=464691&sty=3&keywords=%D4%AD%CE%BB%D4%D3%BD%BB%B5%C4%CC%BD%D5%EB2.设计原则http://www.dxy.cn/bbs/actions/archive/post/2339929_0.htmlhttp://www.dxy.cn/bbs/actions/archive ...

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下面是我设计的引物的BLAST结果,请大虾帮我解释一下。谢谢

下面是我设计的引物的BLAST结果,请大虾帮我解释一下。我这对引物做PCR是否有问题?谢谢。Query=(40 letters)Database: All GenBank+EMBL+DDBJ+PDB sequences (but no EST, STS,GSS,environmental samples or phase 0, 1 or 2 HTGS sequences)2,862,112 sequences; 12,768,194,998 total lettersIf you have any problems or q ...

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UNISTS的序列是否可以直接作为RT-PCR的引物?

我要做一个RT-PCR看看PEDF在组织中的表达在uni-sts里找到PEDF的STS请问是否可以直接拿Forward primer: AGAACAAAGATGAACGGTCGGTReverse primer: ACCAACTCTTTGCAGGACATGA来做RT-PCR的引物?如何验证?谢谢http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/sts/sts.cgi?uid=211288UniSTS:211288 Li ...

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【分享】AB定量PCR Webinar整理,学习零时差,定量PCR E次搞定

以前对real-time了解并不多,但是现在工作需要,必须熟悉AB的定量产品,因此对其网站深度挖掘了一番,收获颇丰,给大家贴出来一起进步。总的来说AB的各个地区网站中,个人感觉tw地区的最好,pp的台湾mm,让你的学习体验非常有感觉,请大家点击感兴趣的课程,简单注册后即可免费在线学习,蛮好的哦!Real-Time PCR 原理http://www.appliedbiosystems.com.tw/webinar/reg_rtpc ...

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【旧贴整理】重组PCR

1.重组PCR原理http://www.dxy.cn/bbs/actions/archive/post/1263309_0.html2.是直接以初次PCR扩增产物作重叠延伸,还是电泳后切胶回收后再做http://www.dxy.cn/bbs/actions/archive/post/5540543_0.htmlhttp://www.dxy.cn/bbs/thread/4745715http://www.dxy.cn/bbs/post/vi ...

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【公告】4月份中下旬0应助贴--加分从优!

http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=67&id=3226158&sty=1&tpg=14&age=0http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=67&id=3225948&sty=1&tpg=14&age=0http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=67&id=3223640&sty=1&tpg=14&age=0http://www.dxy.cn/bbs/post/ ...

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高手请进:评价设计的引物?急!!!

预扩增包含8344位点的序列:8101 agatgcaatt cccggacgtc taaaccaaac cactttcacc gctacacgac cgggggtata8161 ctacggtcaa tgctctgaaa tctgtggagc aaaccacagt ttcatgccca tcgtcctaga8221 attaattccc ctaaaaatct ttgaaatagg gcccgtattt accctatagc accccctcta8281 ccccctct ...

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Access RT-PCR System{英文}

Technically SpeakingAccess RT-PCR SystemBy Patrick BurkePromega CorporationTranscription of RNA from DNA is the principal step in executing a cell's genetic program. Numerous techniques have been developed to investigate gene expression at the level of transcription, incl ...

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如何确定RNA质量的经验谈!

各位都知道,提取到质量良好的RNA(包括总RNA和mRNA,以下同)是非常困难,关于RNA的提取技术,我就不说了,为什么呢?或许各位非常关心呢,我是这样想的,我可以看到的资料或者是厂家的说明书,各位也同样可以看到的,内容当然都是一样的了,所以实验做的好不好,主要是心的投入多少的问题,所以希望大家自己多多思考啊!提取技术虽然不说了,但是我可以告诉各位如何准确确认RNA质量的有效方法(可能是最简单而有效的,如果你已经知 ...

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PCR引物设计原则

PCR引物设计的目的是为了找到一对合适的核苷酸片段,使其能有效地扩增模板DNA序列。因此,引物的优劣直接关系到PCR的特异性与成功与否。要设计引物首先要找到DNA序列的保守区。同时应预测将要扩增的片段单链是否形成二级结构。如这个区域单链能形成二级结构,就要避开它。如这一段不能形成二级结构,那就可以在这一区域设计引物。现在可以在这一保守区域里设计一对引物。一般引物长度为15~30碱基,扩增片段长度为100~600 ...

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【原创】质粒制备原理及常见问题

质粒是真核细胞细胞核外或原核生物拟核外能够进行自主复制的遗传单位,是细胞内的一种环状的小分子DNA,作为一个具有自身复制起点的复制单位独立于细胞的主染色体之外。质粒是分子生物学实验中不可缺少的工具载体。高质量的质粒提取是下游试验顺利进行的可靠保证。质粒制备的方法主要包括以下三个步骤: 细菌的培养及扩增; 细菌的收获和裂解:一般常用碱裂解法。 质粒提取纯化。做过分子生物学实验的,大多数做抽提过质粒,但不是所有人都知道质粒制 ...

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