Trizol法高产量、快速提取全血基因组DNA一例报道——呵呵
丁香园论坛
因为以前只是用Trizol提取过培养细胞的RNA,加入氯仿后只需吹打即可,没有提全血RNA的经验。前几天要提全血拉,我看步骤说明里面,“加氯仿后剧烈震荡”,因为偶力气大,生怕把mRNA弄断了,就来了个不剧烈的震荡。跑完电泳一看,基因组DNA污染;RNA只见18S、28S条带,均模糊、断裂。
我以为是Trizol过期了(上海生工产品),一边订新的,一边好奇,把全血改为400ul,把Trizol改为600ul(原来的量分别是200ul、800ul),剧烈震荡改为颠倒混匀,结果——加入异丙醇以后立即出现大量云雾状沉淀,电泳证实几乎没有RNA存在,DNA条带亮的刺眼。
这样的DNA里面肯定有组蛋白污染拉,偶就稀释到400ul(没法子,这样的DNA实在太稠了,呵呵),跑了个内参(GADP),PCR结果也是亮的刺眼,嘿嘿。用同样的Trizol和200ul、800ul体积重新提取RNA,这次注意“剧烈震荡”1分钟,结果:RNA条带18S、28S完整,5S不明显,DNA未见。
讨论:
看来Trizol提取全血RNA的时候,加氯仿后剧烈震荡是非常必要的,非此不足以去除组蛋白和与之结合的DNA成分。反过来,如果不剧烈震荡,就可以提出高产量的基因组DNA,虽然有组蛋白污染,不过跑PCR还是不受影响的。除了GADP外,我另外又试过十几种引物,结果都很好。
如果用试剂盒提全血DNA,那当然好,前提是你足够有钱。我用酚/氯仿抽提全血DNA,产量一直比较小,试过纯水、RBC裂解液裂解RBC,都不是很理想,WBC损失很大,2ml的产量比不过Trizol法200ul的产量。我最近要摸大量的PCR的条件,所以极郁闷,老是要去提新的对照DNA,烦S了。这次发现了Trizol法的捷径,偶就爽歪了,嘿嘿。
此外,常规提取DNA的时候,蛋白酶K一般要56度3-4小时,想必大家都给它耗过吧。用Trizol提取DNA就没这个烦人的步骤了,整个过程不到1小时。步骤如下:
1. 全血400ul、Trizol 600ul颠倒混匀,静置5min
2. 加氯仿颠倒混匀,静置5min
3. 10000rpm,10min
4. 取上清,加600ul异丙醇,立即见大量云雾状沉淀
5. 10000rpm,5min
6. 去上清,沉淀用70%酒精洗一次,不需离心,小心吸弃上清即可,因为沉淀量很大,而且很结实,轻易不碎
7. 干燥5min
8. TE 300-400ul溶解沉淀,分装冻存
结论:
如果你不是很有钱,如果你的Trizol 是国产的,而且有点过期,如果你急需提全血DNA,用量大,如果你不是很在乎组蛋白。。。你就请试试这法子吧!其实,如果把DNA接着用蛋白酶K消化,应该也可以得到高产量、高质量的DNA,只是我没有试过