【原创】如何搜索用于检测表达的RT-PCR引物？

近段时间在“PCR技术讨论板”有不少关于RT-PCR引物设计的求助，所求助的引物有相当部分都是用于检测某一基因的表达的。

其实，对于很多基因而言，用于检测其表达的RT-PCR引物已早有文献报道，我们完全可以利用这些已有的资源。我们所需要做的只是找到这些已发表的引物序列，通过Blast验证其是否正确、确定其特异性，用软件分析引物的好坏后直接使用就可以了。

下面介绍2种搜索引物序列的方法，希望对大家有用。

1. 通过搜索基因来找到所需引物序列

　a. 打开“Entrez-PubMed”后，将“Search”框选择为“Gene”，输入要搜索的基因名称及物种进行搜索。

　b. 从搜索的结果中找到需要的基因，如人的tyrosinase，打开后就可以看到如下的结果：

　　结果中提供了基因的名称、GeneID、物种、相关序列等。需要注意的就是看看有没有“Markers (Sequence Tagged Sites/STS)”，因为“Markers (Sequence Tagged Sites/STS)”下面的后面有“(e-PCR)”的就是引物序列的链接，链接里不仅提供了引物序列还提供了引物在各基因序列中的位置、PCR产物的大小等。例如，下面的链接是人tyrosinase的其中一对引物（RH69108）。

2. 通过搜索文献来找到所需引物序列

　a. 打开“Entrez-PubMed”后，将“Search”框选择为“PubMed”，输入要搜索的基因名称、物种和“PCR”进行搜索。

　b. 大致浏览文章的题目及摘要，从而可大概知道其是否用了PCR的方法来检测基因的表达。

　c. 选择需要的文章，一一打开，看是否提供了RT-PCR引物序列。

用第2种方法要相对麻烦些且很费时间，但同时也能搜索到更多的引物序列，能搜索到用第1种方法搜索不到的引物序列，而且还有可能找到利用此引物的PCR条件。