做了一堆的实时定量 PCR，然后有一堆的数据，那不是要做一堆的柱状图，我想把这些结果都放在一起怎么办呢？那么我又不会高大上的 R 语言，那么咋整呢。今天我给大家介绍一个比较简单的热图制作软件 HEML。首先，把所有数据算好以后，在 excel 中排列好，如下：将 excel 保存成 2003 版， 这个很重要，只有 03 版才能够被识别, 将文件命名为 gene。然后打开 HEML 软件。打开 File——load (图中红色框框)，将要打开的文件类型选择为 word 2003，打开我们之前保存的 ge ...
我们写论文作图时，经常会碰到数据两极分化的情况（图 1），如果不做处理就做成柱形图，会出现类似图 2 的情况，后面两组数据几乎不可见，这种图形会给审稿人相当不好的印象，论文也会大打折扣。网上有利用同一个图形中插入散点图的方式来制作作 Y 轴截断图形，但比较繁琐。下面把我的制作过程讲解一下，最终得到图 3 效果的图形。第一步：给数据分组。在 Excel 里增加一列，将小数据分到另一列，注意一个原则，小数据列的最大值，一定要小于大数据列的最小值，不然数据会 ...
流式细胞仪检测细胞凋亡可以：鉴定细胞凋亡形态；可以准确的进行凋亡细胞的计数；可以进行特异的定性分析和定量分析。实验原理细胞凋亡时，在细胞、亚细胞和分子水平上会发生的特征性改变，这些改变包括细胞核的改变、细胞器的改变、细胞膜成分的改变和细胞形态的改变等，其中细胞核的改变最具特征性。通过流式细胞仪检测这些特征性的变化，进而判断细胞凋亡的情况。实验步骤一、收集细胞收集细胞｛数目约（1~ 5）×106 个 / mL｝，500～1 000 r/min 离心 5 m ...
很多人做信号通路研究时，费了九牛二虎之力，好不容易找到了下游底物。满心欢喜地以为守得云开月明，岂料怎么也找不到可用的泛磷酸化抗体，下游的实验也难以开展。制备一个特异性的抗体呗，耗时耗力不说，好不好用还不知道。有没有什么其他办法呢？其实市面上可供选择的泛磷酸化抗体很多很多，关键是你能不能找到其中适合你的那一款。大部分蛋白激酶都有偏好的底物蛋白序列，例如 AMPK 偏好的序列是 LXRXXundefined/undefined，AKT 偏好的序列是 RXRXXundefined/T ...
做个生物实验也是够苦逼的啊，不止结果要好看光鲜，还要做定量…… 也是醉了。明明 western blot 结果做的那么漂亮，一眼就看出来差异了，还需要定量？！思量起来，这个也还算简单，忍了吧。。。but… 辛辛苦苦做的免疫组化（或荧光）也需要定量——你当搬砖就可以随便使唤了吗？花花绿绿，斑斑驳驳，肿么分析 ？还好，我有这本秘籍，一定要看完哦。进入正题准备工作首先，你需要下载 imageJ，然后下载 IHC-Toolbox 插件，并放入 imageJ 的安装目录下的 plu ...
WB，又叫蛋白质免疫印迹，是很常见单很重要的一个分子生物学实验。然而，大家常常会遇到各种问题，特别是新手，有时候不知道如何下手，学霸君汇总了一下。欢迎大家来一起交流共同进步。问题chengxue727 ：每次提蛋白后会将样品在短时间内重复 2-3 次 WB，但是每次跑出的条带趋势不一致，上样量和其他条件都没有变，内参基本是整齐稳定的，不知道为什么目的条带就是不一致？求解。回答dxymuchong：内参稳定说明上样量稳定（应该大致是 ...
细胞凋亡检测用途1. 用于肿瘤细胞和组织在内的不同种类病理标本研究；2. 应用于临床诊疗，新药研制、生物制品开发、肿瘤放化疗、以及从促凋亡角度探索肿瘤的基因治疗；3. 对相关疾病的早期发现、放化疗的疗效评价具有举足轻重的地位。细胞凋亡检测方法非常多样，根据具体情况可选用对应检测方法。以下每一种方法都有很详细的步骤说明，内容较多，此处就不一一列出，想了解详情，请点击「阅读原文」查看。1. 荧光探针双标记法2. 形态学检测法3. DNA ladder 法4. ...
琼脂糖凝胶电泳可以：（1）用于 DNA 切胶回收；（2）用于 DNA 分离；（3）用于佐证 DNA 是否重组、质粒等是否切开以及其他分子生物学研究。 实验原理琼脂糖凝胶电泳是用琼脂糖作支持介质的一种电泳方法。其分析原理与其他支持物电泳的最主要区别是：它兼有「分子筛」和「电泳」的双重作用。 琼脂糖凝胶具有网络结构，物质分子通过时会受到阻力，大分子物质在涌动时受到的阻力大，因此在凝胶电泳中，带电颗粒的分离不仅取决于净电荷的性质和数量，而且还取决于分子大小， ...
信息量巨大的 Heatmap（热图）在 CNS 中受到热捧，正如名字一样越来越热了。无论你是各种组学的结果还是常见的数据，文章中不出现个热图你都不好意思叫 SCI 了！Heatmap 最大优点就是信息量大却一目了然。你会惊奇地发现，本来看似杂乱无章高高低低变化的数据做成热图后竟然一下子就简单了。传说是因为人眼可以选择性忽略一些噪音而抓住重点。听着挺有道理哈，可谁知道是不是真的呢；但文章里如果放个热图，顿时逼格确实提升了不少！我对这样的 ...
在自己拥有一个或者更多基因组的情况下，如何在这些基因组中找到自己想要的功能基因，这对于基因组分析来说，比较重要。而利用测序公司给我的功能注释结果，由于所用的注释的数据库的老旧等原因，往往在注释结果是很不准确的, 在很多实验室中公司给的功能注释结果都是不会用的。本地比对对于基因组基因功能分析来说显得尤为重要。对于本地比对，首先是要在 NCBI 下载本队比对软件 blast，下载在这里就不多说，下载好就需要进行安装了，win 安装步 ...
琼脂糖凝胶电泳可以：（1）用于 DNA 切胶回收；（2）用于 DNA 分离；（3）用于佐证 DNA 是否重组、质粒等是否切开以及其他分子生物学研究。 实验原理琼脂糖凝胶电泳是用琼脂糖作支持介质的一种电泳方法。其分析原理与其他支持物电泳的最主要区别是：它兼有「分子筛」和「电泳」的双重作用。 琼脂糖凝胶具有网络结构，物质分子通过时会受到阻力，大分子物质在涌动时受到的阻力大，因此在凝胶电泳中，带电颗粒的分离不仅取决于净电荷的性质和数量，而且还取决于分子大小， ...
各位生物学的学霸们一定对中心法则都不陌生，最简化的中心法则是 DNA 经过转录成为 RNA，RNA 经过翻译成为蛋白质，由于蛋白质组学（简称蛋白组）关心的是翻译成为蛋白质后发生的事情，因此这里就不赘述诸如逆转录，转录后调控等过程了。 研究什么那么蛋白组究竟研究的是什么呢？简单的说呢，就是高通量或者说大规模地研究蛋白质的科学。具体来说主要是三大块：第一，蛋白质定性，或者说大规模检测某些蛋白质是否存在于样品当中；第二，蛋白质定量，也就是 ...
MTT 法是 Mosmann 1983 年报道的，以后此方法得到了迅速发展并广泛应用于临床与科研研究。其原理是活细胞中脱氢酶能将四唑盐还原成不溶于水的蓝紫色产物（formazan)，并沉淀在细胞中，而死细胞没有这种功能。二甲亚砜（DMSO）能溶解沉积在细胞中蓝紫色结晶物，溶液颜色深浅与所含的 formazan 量成正比。再用酶标仪测定 OD 值。实验原理MTT 法是 Mosmann 1983 年报道的，以后此方法得到了迅速发展并广泛应用于临床与科研研究。其原 ...
免疫荧光技术（Immunofluorescence technique）又称荧光抗体技术，是标记免疫技术中发展最早的一种。它是在免疫学、生物化学和显微镜技术的基础上建立起来的一项技术。很早以来就有一些学者试图将抗体分子与一些示踪物质结合，利用抗原抗体反应进行组织或细胞内抗原物质的定位。 实验材料1. 细胞样品2. 试剂、试剂盒多聚甲醛 70% 甲醇 丙酮 PBS Triton BSA DAPI 染液 DABCO Tris 甘油3. 仪器、耗材玻片 实验步骤第一天1. 在培养板中将已 ...
蛋白质表达、分离、纯化可以：（1）探索和研究基因的功能以及基因表达调控的机理；（2）供作结构与功能的研究；（3）作为催化剂、营养剂等。 实验步骤一：材料准备1. 实验材料：大肠杆菌 BL21、LB 液体培养基、氨苄青霉素、Washing Buffer、Elution Buffer、IPTG、蒸馏水、胰蛋白胨、酵母粉、氯化钠2. 实验仪器：摇床、离心机、层析柱、离心管、移液枪、枪头盒、烧杯、玻璃棒二：实验操作1. 试剂准备：这一步详见阅读原文2. 获得目的基因① PCR 方法：以含 ...
曼哈顿图，学名 Manhattan plot，是全基因组关联分析（Genome-Wide Association Study, GWAS）的标配，可以展示所有染色体上的不同位置的 SNP 的显著水平，因酷似曼哈顿的海边景色（高楼林立的）所以称为曼哈顿图。本质上，曼哈顿图是以 SNP 在基因组上的坐标 / 位置为 X 轴，以显著水平（通常是 - log(P)）为 Y 轴的散点图，所以理论上说所有能做散点图的工具都能画曼哈顿图。但是你想一想全基因组有多少 SNP，然后还要坐成能用来发表的酷炫 ...
蛋白质免疫印迹蛋白质免疫印迹（Western Blot，简称 WB）可以：1. 从蛋白质混合物中检出目标蛋白质；2. 定量或定性确定细胞或组织中蛋白质的表达情况；3. 用于蛋白质 - 蛋白质、蛋白质 - DNA、蛋白质 - RNA 相互作用后续分析。实验原理WB 是将蛋白质转移到膜上，然后利用抗体进行检测的方法。对已知表达蛋白，可用相应抗体作为一抗进行检测，对新基因的表达产物，可通过融合部分的抗体检测。与 Southern 或 Northern 杂交方法类似，但 WB 采用的是聚丙烯酰胺凝 ...
PCR 技术应用领域1. 检验感染性疾病是否处于隐性或亚临床状态；2. 有效检测癌基因的突变，准确检测癌基因的表达量；3. 临床应用于检测地中海贫血的基因突变。实验原理PCR 技术的基本原理类似于 DNA 的天然复制过程，其特异性依赖于与靶序列两端互补的寡核苷酸引物。PCR 由变性 -- 退火 -- 延伸三个基本反应步骤构成：模板 DNA 的变性：模板 DNA 经加热至 94 ℃ 左右一定时间后，使模板 DNA 双链或经 PCR 扩增形成的双链 DNA 解离，使之成为单链，以便它与引物结合，为下轮反应做准备；模板 D ...
Linux 系统是生物信息分析中必不可少的工具，它的作用就像 Windows 系统对于我们的日常工作那样：不需要深入到成为系统专家，但是基本操作必不可少。所以对于生物信息学的新手来说，没必要把《鸟叔的 Linux 私房菜》完全学完，那些用不着的部分完全可以跳过。以下就对生信分析中的 Linux 操作做一个简单的入门指导，告诉你这条路该如何走，入门技术需要掌握哪些内容。01生信的 Linux 之路要怎么走？生信的 Linux 之路大概分为三个阶段：1. 流畅使用 ...
免疫共沉淀（Co-Immunoprecipitation）是以抗体和抗原之间的专一性作用为基础的用于研究蛋白质相互作用的经典方法。它可以：测定两种目标蛋白质是否在体内结合；确定一种特定蛋白质的新的作用搭档；分离得到天然状态的相互作用蛋白复合物。 实验原理当细胞在非变性条件下被裂解时，完整细胞内存在的许多蛋白质－蛋白质间的相互作用被保留了下来。如果用蛋白质 X 的抗体免疫沉淀 X，那么与 X 在体内结合的蛋白质 Y 也能沉淀下来。目前多用精制的 ...
