脑洞大开 Heatmap 的 N 种做法

丁香园2018-12-19

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信息量巨大的 Heatmap（热图）在 CNS 中受到热捧，正如名字一样越来越热了。无论你是各种组学的结果还是常见的数据，文章中不出现个热图你都不好意思叫 SCI 了！

Heatmap 最大优点就是信息量大却一目了然。你会惊奇地发现，本来看似杂乱无章高高低低变化的数据做成热图后竟然一下子就简单了。传说是因为人眼可以选择性忽略一些噪音而抓住重点。听着挺有道理哈，可谁知道是不是真的呢；但文章里如果放个热图，顿时逼格确实提升了不少！我对这样的文章的景仰, 犹如长江之水滔滔不绝，又如黄河泛滥一发不可收拾。

相信你也早就动过这个念头了吧。但是，百度一下发现各种 R 语言做图教程……（满脸横线）R 语言什么鬼？难道我还要学习写代码？做个实验容易吗……

不必担心！本文我将手把手教你 4 种不同方法，总有一款适合你！不用叫我雷锋！扫地只不过是我的表面工作，我真正地身份是一位研究僧。（手动斜眼）

今天就用以下数据做个示例，用 excel 保存为 dna.csv 文件备用。

Excel 作图大法

为了后面方便做标尺，此处手动打入标尺的最大值。然后选中数据 -> 条件格式 -> 色阶 -> 选择自己喜好的配色方案。

然后另存为 pdf 文档。

然后在 Adobe illustrator 里面打开。额，可这有点乱。（强迫症患者暂时忍忍）

然后选中热图，将文字修改个字体，是不是立刻舒服了（整个世界都清净了）。

然后用吸管工具选取颜色后，绘制一个矩形，填充渐变，做成标尺。

然后也可以将文字大小改成 0，去掉文字显示，然后简单调整下就差不多了。

这个方案的优势就是不需要专业软件，只需 excel & AI。有点复杂？是的，这个需要有 AI 基础，对于小白来说是有点复杂了。不过不用担心，下面就介绍一个非常简单的！

Heatmap Illustrator

这是一个专用的傻瓜式软件。老规矩，先送链接：http://hemi.biocuckoo.org/。安装打开软件，打开我们的数据 dna.csv。

选中数据区域，如下所示简单设置下。

然后热乎乎的 heatmap 就粗来了 <-<-

各种参数自己试着调调就会有自己想要的效果了。这个优点就是简单易上手，可以聚类，但是缺点是参数需要自己多尝试修改，不然很难看的。

Graphpad 绘制热图

前排提示：我用的是 version7.0，早期版本可能不支持哦，亲，作为生物专业必备神器，不具体说步骤了，都在图里面！

然后粘入数据，点 graphs。

选个你中意的。

然后，蓝后就没有然后了，图已做好，自己调调参数吧。

终极法宝 R 语言

这个最简单高效，所以也是最不用写步骤的，呼呼。

什么？！！我等了半天，你就让我看这个？

别激动，代码在手，作图无忧，免费送代码啦！

install.packages("pheatmap")

setwd("C:/Users / 用户名 / Desktop")

dna <- read.csv("dna.csv", sep=",")

row.names(dna) <- dna$gene_name

dna <- dna[,2:5]

library(pheatmap)

pheatmap(dna,fontsize=9, fontsize_row=8, color = colorRampPalette(c("navy", "white", "firebrick3"))(50),cluster_row=TRUE, cluster_col=TRUE, Rowv="NA", Colv="NA", margins=c(5,10))

当然还有其他好多方法，比如 cluster3.0 等软件，篇幅限制不再赘述，有问题可留言讨论哦。感谢大家耐心看完，有误之处，望批评指正！