如何将 qPCR 数据做成热图

做了一堆的实时定量 PCR，然后有一堆的数据，那不是要做一堆的柱状图，我想把这些结果都放在一起怎么办呢？那么我又不会高大上的 R 语言，那么咋整呢。

今天我给大家介绍一个比较简单的热图制作软件 HEML。

首先，把所有数据算好以后，在 excel 中排列好，如下：

将 excel 保存成 2003 版， 这个很重要，只有 03 版才能够被识别, 将文件命名为 gene。然后打开 HEML 软件。

打开 File——load (图中红色框框)，将要打开的文件类型选择为 word 2003，打开我们之前保存的 gene 文件。

选择数值，如果需要显示 Y 轴和 X 轴标题，可以在下方的框框里打勾。

然后加载完以后是初步的热图就出来啦，觉得有点丑，需要进行下一步的美化。有两个方法，第一个方法是可以点击 SET，会弹出一个小框（1），选择 select 可以挑选自己喜欢的颜色。第二个方法需要在加载数据前就先设定好模板即（2）中 DEMO 按钮，点击以后会出现预设好的模板，挑选满意的模板然后加载数据。

除了调节颜色以外，还能够对热图的大小和边距以及 XY 轴进行调整，如图所示。

如果数值差异很大怎么办呢，可以选择，可以将数据进行归一化，选择菜单栏中的 Option 选项，点击其中的 statistic 选项卡，选择 log 选项，可以自己设置底数，一般来说我们做 qPCR 的数据可以选择 2。

下一步可以根据数值的差异度来选择颜色条色差的多是即 Bar 选项卡里 bar item number，设定好数量以后，点击 autofill 就会自动分配颜色了，也可以选择自己自己决定每个色条的颜色，设置好以后选择 OK。

注意每次修改以后，记得重要的一步就是要 Refresh。

完成以后可以将图片导出，File-export image - 选择需要的图片类型。

后期还可以把图片放到 PS 和 AI 中进一步加工。对于 qPCR 数据做成热图，对于各种胁迫处理或者多个阶段的多种类型的基因表达变化可以有一个比较全面的结果图，这个方法同样适用于其他数据哈。