cRNA 探针 cRNA探针是以eDNA为模板在体外转录而成的探针,可方便地通过已克隆于特定质粒载体的,DNA产生。这些质粒通常在紧邻多克隆位点的位置含有一个噬菌体启动子。应用相关的RNA聚合酶和4种核糖核苷(rNTPs)(其中至少一种带有标记物)进行体外转录反应,依赖DNA的RNA聚合酶以克隆的cDNA为模板,以含有标记物的三磷酸核糖核苷为原料,从启动子下游开始在体外转录产生RNA。通过改变外源cDNA在质粒中的插入方向或选用不同的RNA聚合酶,可以控制RNA的转录
体视学几何探针 在明确二维参数与三维参数之间的关系之后,欲得到三维数据首先要准确有效地获取二维参数。在体视学中这些问题非常容易解决,只要利用适合的几何探针(geometric probes)和恰当的计数方法便可以得到。体视学的测试探针包括零维的测试点(test point)、一维的测试线(testline)、二维的测试框(testframe)、三维的体视框(disector)。 几何探针 a.为测试点;b.为测试线;c.为测试框 利用几何探针进行二维参数
现有的基因芯片种类很多,但重要而且常用的芯片并不多,一般分析芯片数据都需要把探针的 ID 切换成基因的 ID。一般有三种方法可以得到芯片探针与 gene 的对应关系:① 金标准是去基因芯片的厂商的官网直接下载② 从 NCBI 里面下载文件来解析③ 直接用 bioconductor 包。其中前两种方法都比较麻烦,所以接下来要讲的是:如何用 R 的 bioconductor 包来批量得到芯片探针与 gene 的对应关系。一、说明1. 一般重要的芯片在 R 的 bioconductor 里面都是有包
随机引物法探针标记 随机引物法的原理是使被称为随机引物(random primer)的长6个核苷酸的寡核苷酸片段与单链DNA或变性的双链DNA随机互补结合(退火),以提供3, 羟基端,在无5, →3, 外切酶活性的DNA聚合酶大片段(如Klenow片段)作用下,在引物的3, 羟基末端逐个加上核苷酸直至下一个引物。当反应液中含有标记的核苷酸时,即形成标记的DNA探针。6个核苷酸混合物出现所有可能结合序列,引物与模板的结合以一种随机的方式发生,标记均匀跨越DNA全长。当以RNA