预实验和正式实验结果差别很大

考虑两次实验有什么样品、操作、实验试剂差异。控制环境变量之后，建议提高样本量重新做，没办法，做实验就这样。

有可能是操作原因，考虑偶然误差，也可以重复一次实验

楼主可考虑加大样本量，计算蛋白的表达是否和对照有区别，并可以计算蛋白表达与疾病、年龄等因素之间的相关性