质粒双酶切后无条带，目的基因有条带

过夜12小时后双酶切后质粒DNA没有条带，但是目的基因有条带，这说明质粒DNA在双酶切过程中被消化掉了，而目的基因片段受到保护没有被消化掉。这可能是因为双酶切的条件不适宜导致的，比如酶切反应的时间太长、酶切缓冲液配制不正确、酶的浓度过高或过低等因素都可能影响酶切效率。建议重新评估酶切条件，例如缩短酶切反应时间、尝试调整酶切缓冲液浓度或酶的浓度等，以提高酶切效率。

考虑是跑的时间过长导致质粒DNA降解所导致。

首先考虑就是DNA降解，可以缩短跑的时间