俗话说，兵欲善其事，必先利其器。掌握一些好的软件，可以让你的科研工作达到事半功倍的效果。今天随我一起来看看分子生物学常用的一些软件，主要包括分子克隆、实验记录、文献管理。Primer Premier 5Premier 是由加拿大的 Premier 公司开发的专业用于 PCR 或测序引物以及杂交探针的设计和评估的软件。主要界面有序列编辑窗口（Genetank），引物设计窗口（Primer Design），酶切分析窗口（Restriction Sites ...
我和夫人多次成本申请到 2005 年的国家自然科学基金（以下简称国基），要感谢从丁香园学到的「独家秘笈」的成功应用。为了感谢丁香园，我们呕血力创，推出我们的秘诀，提供给正在奋斗的人们。一、审时度势所谓审时度势，关键在于要搞清楚基金究竟要赞助哪些人，一般来说，国家设立基金，目的就是赞助那些能够在科研上有突破的人。判断哪些人能够在科研上有突破，这个就依靠评委来判断了，要知道国基从来不会雪中送炭，只会锦上添花。你要申请，首先要想，假 ...
日前，《每日邮报》报道了一位得了肝癌的小妹妹。她的爸妈为了能让她一边治疗，一边上学，为她配备了一台未来机器人——「替身」（可怜天下父母心）。佩顿的机器人代替她重返校园。（图片来源：《华盛顿邮报》）佩顿通过出现在教室里的机器人和小伙伴们一起上课（图片来源：《华盛顿邮报》）佩顿通过出现在教室里的机器人和小伙伴们一起上课（图片来源：《华盛顿邮报》）此事一出，全网哗然。不过如此令人震惊的装备，竟然在丁香园里隐秘了 1 年，要不是因为这次的「替身」门 ...
医学史上满是奇怪和可怕的实验，有些实验虽然取得了成功，但过程也许可怕且不道德。乙肝疫苗的发现当时，斯塔顿岛的智障儿童学校中肝炎肆虐。为了研究该疾病，儿科医生 Krugman 将感染者的排泄物拌进奶昔，然后喂给学生。对的，你没看错，这货把带病毒的大便混进孩子的饮品中，故意感染其他孩子。这个实验从 1963 年持续到了 1966 年，最终他发现了甲肝和乙肝是两种不同的疾病，并且因此而研制出了乙肝疫苗。后来， Krugman 声称他的实验取得过孩子父 ...
博士毕业后究竟该留在高校学术圈还是进入企业工作？哪里的收入更高？相信本文或许能为你今后选择提供一点参考。我们来看一项调查研究—— 关于 3 000 名美国博士生的经济情况。这项研究由纽约大学经济学家 Julia Lane 和俄亥俄州立大学经济学家 Bruce Weinberg 主持，项目由密歇根大学安娜堡分校发起，调查对象是来自美国中西部地区及周边大学的学生。其实研究的主要目的并非比较博士毕业生的收入情况，而是检验科学研究的社会经济生产力转化率。 ...
我是一间实验室，在这里已经第八年了。除了每天迎接清晨和夜晚之外，我能等的就只有一些穿着白大褂的人。虽然人不多，但是零零散散地进出也让我不觉得很孤单。实际上在这里有很多生命。我的孵箱里生活着亿万的细胞，只可惜他们很安静，连窃窃私语都没有。有时候一天天气很好，从早上就是一片云彩都没有，太阳就这么照射这里，投进屋子。这时候有人来，一边抱怨这屋里太热一边打开窗子通风。有时候天气不好，下了一夜的雨到早上都不停。我也不太开心遇 ...
看到有很多战友为引物的设计感到头疼。不过这也难怪，虽然原理我们都知道，但是设计的时候却未必能都考虑的很完全。在这里我向大家隆重推荐一个在线的引物设计软件，是斯坦福大学的，我认为是最好的在线引物设计软件，我用它设计接近 100 多对引物。它用起来也很简单，最重要的是效果非常好，考虑的因素也非常的多。软件操作页面：http://www.yeastgenome.org/cgi-bin/web-primer具体操作如下：首先输入你想要 p 的 ...
本文章主要提供给新手，希望对各位有帮助。1、引物是如何合成的？目前引物合成基本采用固相亚磷酰胺三酯法。DNA 合成仪有很多种，无论采用什么机器合成，合成的原理都相同，主要差别在于合成产率的高低，试剂消耗量的不同和单个循环用时的多少。亚磷酰胺三酯法合成 DNA 片段，具有高效、快速的偶联以及起始反应物比较稳定的特点。亚磷酰胺三酯法是将 DNA 固定在固相载体上完成 DNA 链的合成的，合成的方向是由待合成引物的 3' 端向 5' 端合成的，相邻的核苷酸通过3' ...
和大家介绍一下用 DNAMAN 软件制作适合论文发表用的 DNA 序列或蛋白质序列比对图。首先，选择输入序列 。选择序列文件所在位置。注意输入的序列是 DNA 或者是蛋白质序列，打勾相应的选项 ，然后一直点击下一步 。选项不需要修改，默认就行。由于是免费的版本，它会在这里加上了一段标记，需手工去除它。这是去除后的序列情况 。点击 Output ，出现下拉菜单。保持 EMF 格式的文件即可，然后用图片查看器打开可以放大缩小而不改变像素 。文章作者：丁香园论坛战友@gxu ...
前一阵子一直在做双酶切质粒重组，失败了很多次，不过很快改善了实验方法，用两周重组了 14 个质粒。现就自己的体会，结合丁香园战友的宝贵经验，谈一下质粒重组的一些个人经验。一、回收 PCR 产物在进行 PCR 扩增时候，给引物两端设计好酶切位点，一般说来，限制酶的选择非常重要，尽量选择粘端酶切和那些酶切效率高的限制酶，如 BamHI、HindIII，提前看好各公司的双切酶所用公用的 BUFFER，以及各酶在公用 BUFFER 里的效率。选好酶切位点后，在各 ...
和大家分享一下如何在新版 ensemb 查找启动子。首先，选择物种，输入基因名。比如： 搜索小鼠 Ptgs2 后，点击红圈处。点击红圈：点击 exons：5' upstream sequence 绿色部分为启动子所在位置，紫色部分是非编码区，黑色部分是编码区，蓝色区为内含子。但他所给的 5' upstream sequence 只有 50 bp，怎么办呢？ 屏幕左边有个 configure this page，点击：更改数字 save and close，即可看到你想要的结果：Ensembl 除了可以用来克 ...
在互联网上，有很多软件可以解决分子生物实验人员在做实验中遇到的问题。本文提供了序列分析、实验设计阶段比较实用的软件。软件主要用于酶分析、引物设计、同源序列比较、质粒作图、结构域（motif）查找、RNA 二级结构预测、蛋白二级结构 分析、克隆策略图谱、三维结构显示等方面的内容。1. 综合性软件这类软件要求对本阶段上述的大部分功能均具备，但这类软件大多在专项分析上没有优势。推荐软件：Omiga 2.0优点：你所能想到的大部分对核酸蛋白 ...
这两年在美帝净做克隆实验了，专家不敢说，但是熟能生巧，确实积累了不少经验。我把经验写下来，希望大家少绕点弯路。1. 载体构建俗话说用欲善其事，必先利其器。我强烈建议大家在做构建之前先找好工具，这样起的效果事半功倍。这里说个笑话，我们系有个新 PHD 学生，是个印度女孩，很聪明很刻苦，她所在的实验室也很好，不过除了她之外包括老板在内都是生物物理背景的，以前一个生物 POSTDOC 在的时候还好，这个 POSTDOC 一走，整个实验室对分生就只有 ...
SCI 论文不好写，主要障碍在英语上，其实就像以前考四六级考研一样，撰写也是有规律可循，有模版可靠。Abstract越简单越好，字数控制在 150～250 words。具体怎么写呢？先简单描述一下课题的前沿背景，然后引出自己的实验（In this paper…. or Here, we…）主要陈述实验结果，可稍带提一下所用到的重要方法的名称，然后说明你的结果的意义 These data suggest….；最后总结拔高 In a word…. or In summary…..。举个栗子：Ac ...
俗话说，兵欲善其事，必先利其器。掌握一些好的软件，可以让你的科研工作达到事半功倍的效果。今天随我一起来看看分子生物学常用的一些软件，主要包括分子克隆、实验记录、文献管理。Primer Premier 5Premier 是由加拿大的 Premier 公司开发的专业用于 PCR 或测序引物以及杂交探针的设计和评估的软件。主要界面有序列编辑窗口（Genetank），引物设计窗口（Primer Design），酶切分析窗口（Restriction Sites ...
陆陆续续地回到实验室，该重操旧业啦。生物学霸今年会给大家呈上更多最新技术及解读，带你装逼带你飞。今天带给大家的是冷泉港二月期刊推出的最新实验技术，一共有 五个，学起来。CRISPR–Cas9 技术构建转基因鼠Editing the Mouse Genome Using the CRISPR–Cas9 System先用细菌举例给你解释一下啥叫基因编辑，比如我想让细菌给我产一个蛋白，但是他不听话，所以我只好人工地敲掉一些基因，然后再额外给他一些基因， ...
一般单次剂量的注射剂通过灭菌的方法即可达到无菌，而对于采用低温灭菌、滤过除菌或无菌操作法制备的注射剂或多剂量包装的注射剂，均应在处方中添加适宜的抑菌剂，以防止在制造、贮藏和使用过程中可能发生的微生物污染。抑菌剂具有抑制微生物细胞生长的能力，其过剂量也可能对人体有一定的安全性隐患，所以在注射剂处方中，抑菌剂的用量既要能抑制注射液中微生物的生长，又要求对人体无毒、无害。而对于加有抑菌剂的注射剂，仍要用适宜方法除菌， ...
著名俄国诗人 Paschkin 说过「灵感是在人们不断的工作中产生的」。因此，在你的科研活动之中，一定会产生许多的灵感，有些灵感信手拈来，有些灵感苦思而得，有些灵感受人启发。当你们抓住这些灵感并将它们付诸于实践之后，便有了许多精彩的发明和创新。一个小小的发明和创新为实验的顺利进行铺平了道路，我们收集了这些小发明，希望对你们有用。1. 病理实验dingle007：病理实验常需要专业人员看片，对炎症细胞浸润我做了个设想：即在同一组 ...
概述肠球菌属（Enterococcus）细菌域，厚壁门，芽孢杆菌纲，乳杆菌目，肠球菌科；在环境中广泛存在（土壤、水、植物、动物）；人类胃肠道和女性的生殖道；不同种类的肠球菌的流行取决于宿主的不同，也受年龄、饮食和其他生理条件有关的因素影响。流行病学肠球菌是内源性和外源性医院感染的第三大病原菌（检出率仅次于金黄色葡萄球菌和大肠埃希氏菌）肠球菌所致院内感染绝大多数为尿路感染（有资料统计，在引起尿路感染的致病菌中，肠球菌感染 ...
大家对大肠杆菌应该很熟悉，它是分子生物学里最常见的工程菌。基因克隆、蛋白表达，这些就是在大肠杆菌中实现的，这和大肠杆菌的结构密切相关。大肠杆菌 K12大肠杆菌是一种革兰氏阴性菌，棒状，约 2.5 微米长。有鞭毛，它的基因组由 4 639 221 个碱基对组成，至少编码 4 000 个基因。扫描电镜下的 E.coliK12 菌株最早是 1921 年从疟疾患者的粪便中分离得到，一直作为纯种保藏在实验室里，已有 75 年。大肠杆菌 K12 容易生长，并且关于它的代谢研究很多，因此它经常被用作 ...
