七款分子生物学常用软件
生物学霸
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俗话说,兵欲善其事,必先利其器。掌握一些好的软件,可以让你的科研工作达到事半功倍的效果。今天随我一起来看看分子生物学常用的一些软件,主要包括分子克隆、实验记录、文献管理。
Primer Premier 5
Premier 是由加拿大的 Premier 公司开发的专业用于 PCR 或测序引物以及杂交探针的设计和评估的软件。主要界面有序列编辑窗口(Genetank),引物设计窗口(Primer Design),酶切分析窗口(Restriction Sites)和 Motif 分析窗口。
基本上目前引物设计都是基于 Primer 系列,在所有版本里,最好的是 Primer 5,Primer 6 太过智能了
Vector NTI Advance 11.5
Vector NTI Advance 是目前整合度最高的多功能桌面序列分析软件包,包含了一整套数据分析和管理的工具 。里面的东西很多,可以查看质粒图谱查看和编辑、序列比对等。
和 Primer Premier 5 一样,是分子生物学实验室的标配。Vector NTI 最新的版本 11.5 是 2010 年发布,此外就再也没更新过。
SnapGene
这个软件很强大,可以进行多序列比对、自动引物设计、支持 Gibson Assembly、直接导入 Genbank 序列号等。当然价格也很强大,单一授权 $350/年,或 $750/永久。
相比而言,Primer Premier 这个软件上市的时候,PCR 酶还很弱小,引物质量会对结果产生比较大的影响,而现在则不会。所以 SnapGene 更适应现在的引物设计。
EndNote
这是一个专门用于管理参考文献数据库的软件,有了他,再也不用手动给参考文献编号。通过插件可以很方便地在 word 中插入文献,软件自动根据文献的先后顺序编号,并根据指定的格式将文献附在文章的最后。
如果在文章中间插入了引用的新文献,软件会自动更新编号,并将引用的文献插入到文章最后参考文献中合适的位置。
Mendeley
科研生涯中,往往要看的不是一篇文献,而是上百篇,有些文章的主题比较接近,想放到一起,方便查找。针对具体的文章希望可以做些标记。那么 Mendeley 很适合。
如下图所示,可以根据主题建立文件,一个主题下还可以有下一级文件。当点击某个主题时,所有文章的标题均会出现在中间部分,这些文章也会包含全部相关信息。
当你点击某篇文章时,右侧会自动列出你曾经做的笔记。还可以根据你的笔记定位到文献的位置。
ReadCube
ReadCube 是以文献阅读为中心的文献管理软件,可以自动识别 PDF 文档中的信息,比如题目、作者、摘要、引文。它可以根据你的文献数据库,推荐和你研究兴趣最相关的文献。在 Word 里双击 Ctrl 可以插入参考文献,和 EndNote 相比巨难用。
OneNote
做实验记录的时候,我们常常需要计算,比对以前的数据,贴图等,纸质版本无法在论文中使用,要是有一个电子同步版就好了。
那么 OneNote 正好满足,记录、贴图、同步、计算、查找都很方便。最重要的是自动保存,再也不担心实验记录不翼而飞了。
你会用这些软件吗?想学吗?别急,我们会慢慢推出学习教程。
作者:霸霸
配图来源:知乎等网络