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蛋白质组学

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问蛋白组学数据分析

loveliufudan

蛋白组学数据的分析通常涉及多个步骤和方法。以下是一般的蛋白组学数据分析流程的一些常见步骤： 1. 数据预处理：包括数据清洗、峰识别、背景校正等。这些步骤有助于减少噪声和非特异性信号，提高数据质量。 2. 蛋白鉴定和定量：通过比对实验数据和数据库（如UniProt）中的蛋白质序列信息，确定鉴定出的蛋白质。常见的鉴定方法包括谱库搜索、数据库搜索、比对引擎等。定量方法可以使用标记的（如TMT、iTRAQ

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问血浆和血清哪个做蛋白质组学比较好？

loveliufudan

血浆和血清是进行蛋白质组学研究的常用样本之一。血浆是血液在抽血后离心去除血细胞后所得的液体，其中含有多种蛋白质，包括补体蛋白、凝血因子、抗体等，是进行蛋白质组学研究的常用样本之一。血清是离心去除血细胞后，不加抗凝剂处理，使其自然凝固，再离心去除凝块后所得的液体，其中也含有多种蛋白质，是进行蛋白质组学研究的另一种常用样本。在进行蛋白质组学研究时，血浆和血清各有其优缺点，选择使用哪种样本需要根据具体的

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问血浆、血清样本做基于质谱的蛋白质组学为什么要去除高丰度蛋白?

loveliufudan

血浆和血清中的蛋白质种类繁多，其中大部分蛋白质都是极低丰度的，而极少数的蛋白质却具有高丰度。这些高丰度蛋白质可以占据大量的质谱信号，使得低丰度蛋白质的检测变得困难，甚至无法检测到。因此，在进行基于质谱的蛋白质组学分析时，需要去除高丰度蛋白质，以便更好地检测低丰度蛋白质。去除高丰度蛋白质的方法有多种，其中最常用的是亲和层析法和尺寸排除层析法。亲和层析法基于高丰度蛋白质和其它蛋白质之间的亲和性选择性地

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问关于蛋白质组学中unique peptide数目的筛选

loveliufudan

在MaxQuant软件中进行质谱数据搜库后，会生成一个包含多个txt文件的文件夹。要确定实验一共鉴定到多少个unique peptide，您可以使用"peptides.txt"文件，并按照以下步骤进行筛选：1. 打开"peptides.txt"文件，这个文件包含了鉴定到的所有肽段的信息。2. 根据您的需求，确定unique peptide的定义。在MaxQuant中，unique peptide是

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问石蜡样本（FFPE）是否可以进行蛋白质组学？

loveliufudan

石蜡包埋的组织样本（FFPE）通常是组织学和免疫组织化学分析的标准方法，但是由于石蜡处理过程中样本受到的交联和硬化，样品中的蛋白质会发生损伤和部分降解，同时可能会有一定程度的蛋白质交叉链接，使得样品的蛋白质可溶性下降，从而影响蛋白质质谱分析的结果。因此，从FFPE样本中提取蛋白质需要采取一系列的特殊处理方法，以解交联、降解和减少其他的影响。近年来，一些新兴的蛋白质组学方法，如蛋白质组学信号增强技术

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问蛋白质组学DIA如何进一步挑选差异蛋白

土井挞克树

可以根据kegg富集到的信号通路挑选蛋白

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问全血可以做蛋白质组学和代谢组学吗？

loveliufudan

全血是一种复杂的生物样本，含有多种生物分子，包括蛋白质、代谢产物、核酸等。因此，全血是进行蛋白质组学和代谢组学研究的常见样本之一。在进行蛋白质组学研究时，可以使用各种技术，如二维凝胶电泳、液相色谱-质谱联用等，从全血中分离、富集和鉴定蛋白质。同时，蛋白质在全血中的浓度较低，需要进行适当的前处理，如血浆分离、蛋白质富集等，以提高检测的灵敏度和准确性。在进行代谢组学研究时，可以使用各种技术，如核磁共振

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问如何避免蛋白质谱实验中的二次污染问题

府宅

在质谱分析中，最常见的蛋白质污染物包括角蛋白和血清白蛋白。其他质谱（MS）蛋白污染物还包括酪蛋白和大肠杆菌蛋白质。在实验中，可以通过以下方法避免将上述蛋白质污染物引入样品：1. 保持实验室清洁、减少灰尘和空气流动；2. 使用一次性过滤吸头；3. 定期清洗电泳、染色、微量离心机等设备，避免通过接触或气溶胶引入污染物颗粒；4. 穿戴洁净的实验服和手套。

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问磁珠（美天旎）分选后的细胞，影响后组蛋白组学等分析这个问题怎么办？

dxy_zl01okr9

美天旎磁珠直径只有50nm，不影响后续蛋白组分析的

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问蛋白组学数据上传TCP端口问题

loveliufudan

1.确保数据格式符合ProteomeXchange平台的要求。你可以在ProteomeXchange官网上查看数据格式的要求。2.确保文件大小不超过限制。ProteomeXchange平台规定的文件大小限制可能会有所不同，这个也可以在官网上查看。3.检查网络连接是否正常，网络问题可能导致上传失败，确保你的网络稳定。

3 回答481 围观

问请教：这种想法是否用蛋白组学测序即可实现？

Eason老歌迷

思路是没问题的。不过需要注意两点。一个是标本量要多，第二个是要设置重复性实验

2 回答267 围观

问网络药理学与蛋白组学结果不一致

dxyc42u

网络药理学分析出来的结果只是一个预测结果，最终以蛋白组学分析出来的结果为主

3 回答315 围观

问做蛋白组学Prm样本要设定几个重复，重复数在结果中怎么体现？重复数会影响审稿吗

balalaLy

至少3个，重复数体现在统计数据的bar值

3 回答562 围观

问做蛋白组学Prm之前还需要做什么实验吗

汤姆卜丽波

做 LC-MS/MS 质谱PRM检测之前，要做以下实验准备，蛋白提取、浓度测定及 SDS-PAGE 凝胶检测，质检报告；蛋白酶解、除盐，冻干机冻干；高分辨 LC-MS/MS 质谱DDA检测，搜库定性，选择母离子，高分辨，最后质谱检测，定量分析，完整报告整理。

3 回答296 围观

问蛋白组学出现负数如何计算差异倍数

土井挞克树

负数的话可以取绝对值来计算差异倍数。

2 回答304 围观

问蛋白组学微量样本如何测定？

dxy_gwrp7ndq

可以利用纳米级的液相色谱串联质谱，能同时鉴定并定量少量组织样品中的数百个蛋白。

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问蛋白质组学，网络药理学找差异蛋白？

米米米小喵

蛋白质组学和转录组学都是从基础研究水平上来缩小我们实验的范围，运气好，能够碰到一个单基因控制的，或者相互作用网络比较简单的蛋白，我们就能具体解决某一个问题，但大部分时候只能够给我们提出一个方向。

3 回答368 围观

问如果目标蛋白是膜蛋白和胞浆蛋白，所用的去垢剂应如何调整？

Eason老歌迷

最好加上NaF去抑制磷酸化酶的活性。

3 回答383 围观

问做蛋白与蛋白免疫共沉淀时，前提必须得是使用高表达目的蛋白和诱饵蛋白的细胞株嘛？

Miracle星

免疫共沉淀既可以用于检验已知的两个蛋白质在体内的相互作用，也可以找出未知的蛋白质相互作用，不管是两者的哪个，其原则都是一样的，都需要用特异性的抗体与其中的一种蛋白质结合，之后通过蛋白质A或蛋白质G-琼脂糖微珠将复合物沉淀下来，然后用SDS-PAGE鉴定。免疫共沉淀中设置正确的对照非常重要，因为该方法可能出现假阳性的概率比较高，设置的对照包括：在对照组中使用对照抗体，以缺失目的蛋白的细胞系作为阴性

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问做出来的有差异表达的蛋白，又做了一批用WB的无差异？

AIDD组学

p 0.03，这个值很大的了，假阳性率很高，一般至少都是p＜0.05.蛋白质组学是一个非靶向的实验，并不是一个靶向实验，所以有假阳性的结果是很正常的，即使验证也是选取的P值较小的，且FC值变化较大的。

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