蛋白质组学DIA如何进一步挑选差异蛋白
长乐未央77
各位老师好，目前做的DIA分析出来的差异蛋白没有自己关注的蛋白，下一步应该如何挑选验证蛋白，是根据kegg富集到的信号通路挑选蛋白还是修改FC值？还是说从几百个蛋白里读文献找有文献支持的蛋白？
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2 个回答
土井挞克树
有帮助
可以根据kegg富集到的信号通路挑选蛋白
loveliufudan
有帮助
在DIA分析中找不到自己关注的蛋白可能是因为样本组的生物学变异性较高或者是差异蛋白被低丰度的蛋白所淹没了，所以可以考虑挑选验证蛋白。
你提到的三种方法都是可行的，综合考虑，你可以选择挑选一些有生物学意义并且具有差异表达的蛋白进行验证。同时，也可以考虑结合其他实验数据和文献来支持验证蛋白的选择。
长乐未央77
老师，如果是被低丰度蛋白淹没了，有什么办法可以补救吗？因为课题设计最初就是测目标20多个蛋白，但是现在马上要毕业了，昨天才发现我目标蛋白没有检测到，想问下有什么补救办法吗？
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