血浆、血清样本做基于质谱的蛋白质组学为什么要去除高丰度蛋白?

血浆和血清中的蛋白质种类繁多，其中大部分蛋白质都是极低丰度的，而极少数的蛋白质却具有高丰度。这些高丰度蛋白质可以占据大量的质谱信号，使得低丰度蛋白质的检测变得困难，甚至无法检测到。因此，在进行基于质谱的蛋白质组学分析时，需要去除高丰度蛋白质，以便更好地检测低丰度蛋白质。

去除高丰度蛋白质的方法有多种，其中最常用的是亲和层析法和尺寸排除层析法。亲和层析法基于高丰度蛋白质和其它蛋白质之间的亲和性选择性地去除高丰度蛋白质。而尺寸排除层析法则是根据蛋白质的分子大小，选择性地去除高分子量蛋白质。

去除高丰度蛋白质有助于提高低丰度蛋白质的检测率和分辨率，从而获得更准确的蛋白质组学数据。同时，去除高丰度蛋白质还有助于降低样品中的复杂性，简化后续的蛋白质分离、纯化和鉴定过程。

高丰度蛋白具有高度重复性与覆盖性，会影响特定蛋白的检测

因为血清、血浆富含白蛋白和免疫球蛋白高丰度蛋白的样品。之所以需要去除掉干扰检测的高丰度蛋白，尽可能富集更多低丰度蛋白。

血清、血浆、脑脊液等体液样本是基于质谱的蛋白质组学研究领域中的常见样本。这类样本含有种类丰富的 蛋白质，其中高丰度蛋白（high-abundantproteins，HAP）比例达到 97%-99%，包括白蛋白、IgG、IgA、纤维蛋白原、转铁蛋白、触珠蛋白、抗胰蛋白酶等。而低丰度蛋白（low-abundantproteins，LAP）才往往是疾病的特异性生物标记或者药物作用的靶蛋白分子，也更有研究意义。不去高丰度蛋白的情况下， 质谱检测更易检出表达丰度高的蛋白，而丰度低的蛋白检出数量会减少，这可能会导致结果可用性低。因此，去除高丰度蛋白，而针对性地检测低丰度蛋白就非常有必要。