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差异基因没办法富集到通路怎么办?

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主观能动性

各位老师好,转录组测序后不管是KEGG还是GSEA都没办法富集到有统计学意义的通路怎么办?就没办法做后续验证了吗?还是怎么?找公司分析,结果是已知基因的注释信息是通过参考基因组注释提取获得的,novel开头的基因为新预测的基因,新基因是用比对但没有注释的序列去预测的,这个新基因如何去解读,比如Novel100026 ,另外有gene-id,如AH5667_RS13485有对应的基因名,betA,还可以在pubmed上查相关信息,可以有的gene-id,如AH5667_RS00990的基因名字就是AH5667_RS00990,在pubmed里面都搜索不到相关信息。谢谢各位帮忙。

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3 个回答

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陈皮712

有帮助

换一个数据集试试,有时候GSEA的数据集不一定是最新的。另外,也很有可能,这些差异基因,就是没办法通过GSEA富集的。也就说它们的确存在差异表达,但不能整体地调控某条通路。

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Eason老歌迷

有帮助

用string看你目的基因的相关50个基因,用这50个基因去在david网站进行富集试试。

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whilt-shirt

有帮助

可以试试其他数据库,或者自己通过文献查找相关的通路

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