请问我的转录组长在1100bp左右，以DNA为模板PCR克隆出的条带应该也是1100bp左右吗

不一定，跟引物设计的起始位点有关

如果你使用DNA为模板进行PCR克隆，且选择合适的引物，通常情况下你会期望在PCR产物中获得与目标转录组长度相匹配的DNA片段。因此，如果你的转录组长度在1100 bp左右，通过PCR克隆获得的DNA条带的大小也应该接近1100 bp。

然而，需要注意的是PCR过程中可能存在一些变异和偏差，例如扩增效率、引物特异性、PCR条件等因素都可能对PCR产物的大小产生影响。因此，最准确的确定PCR产物的大小是通过聚丙烯酰胺凝胶电泳分析，与DNA分子量标记物进行比较来确定。

是要看扩增的起始密码子和终止密码子的，应该会稍微短一些