【求助】7000bp左右的片段,用PCR的方法怎么样可以获得?
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小女子是新手,最近忙于做一个抗病基因的克隆,基因的片段大小7010bp左右,打算采用PCR的方法克隆,Taq LA polymerse和29bp的特异性引物,扩增不出来,请高手指点啊!
扩不出来太正常了。可能你的模板根本就没有,或者降解,或者表达很低。
另一方面,这么长,聚合酶可能在中途就掉下来了。
建议你分段扩增。比如分成5-10个PCR,每段扩600-800bp,设计一些overlap的区域。
最好这些区域中含有唯一的酶切位点,然后通过连接酶把基因连起来。
如果按这种方法,我怀疑在3末端能顺利扩出,可能5末端的就扩不出来了。
另一方面,这么长,聚合酶可能在中途就掉下来了。
建议你分段扩增。比如分成5-10个PCR,每段扩600-800bp,设计一些overlap的区域。
最好这些区域中含有唯一的酶切位点,然后通过连接酶把基因连起来。
如果按这种方法,我怀疑在3末端能顺利扩出,可能5末端的就扩不出来了。
哦 谢谢!看过一些文章硕可以P出很长序列的!可是我桌的很艰难,本实验室的一个师兄也曾尝试,不过不了了之了,现在想看看我做的结果再做他的基因。我按你的方法再看看同原序列,考虑一下。非常感谢!
hanrui1009 您好!
不知道您的模板是什么?建议您根据数据库选择表达量高的部位进行模板制备,这样的话,也比较容易扩增出来;
其次,7000bp不好扩增,其实没有必要分成很多段,两三段就可以了,选择合适的酶切位点;
再次,选择高保真的聚合酶,这样扩增出来不容易出现突变,可以适当提高循环数,增大产量,可以设置梯度PCR,寻找最优的条件。
不知道您的模板是什么?建议您根据数据库选择表达量高的部位进行模板制备,这样的话,也比较容易扩增出来;
其次,7000bp不好扩增,其实没有必要分成很多段,两三段就可以了,选择合适的酶切位点;
再次,选择高保真的聚合酶,这样扩增出来不容易出现突变,可以适当提高循环数,增大产量,可以设置梯度PCR,寻找最优的条件。
谢谢!你说的很对,值得参考啊!我会再仔细考虑一下的!再次感谢!
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