为什么我600+bp的模板pcr出来1200bp的片段，还找不到多余片段来源？

可能原因：

第一，PCR产物的大小是怎么确定的，正确的确定大小的方法应该是下载相应的参考序列并将之与对应引物拼接起来，直接就能看到扩增产物的大小了，如果简单的用电泳检测的话，电泳时间足够长且胶浓度比较合适才能得到比较正确的结论，否则电泳的结论相对是比较粗略的；

第二，生工给出的结果问题，生工给出的测序结果应该是长毛细管电泳的结果，他不会在你的样品电泳结束的时候停止测序仪，因为在一个批次的测序中不光有你的样品，其他人的样品可能会超过700bp，这样你的序列看上去就不会是你预计的长度；

第三，判断一个序列结束的基本条件是序列峰图的末端会出现连续的几个A，且最后一个A的峰高明显要高出峰图中其他的峰，如果你的测序模板质量足够高，那么在这几个A后将不会再有杂峰出现；

第四，用chromas软件查看发现552bp后峰很乱说明测序没有测到序列的末端，后面的序列是因为你测序时候的模板加少了或者加少了已经没有信号而显示了杂峰，判断是模板加多了还是加少了需要查看峰图原始数据即可

这个可能和你的模板有关系，序列比较特别?建议改变温度试试?感觉和引物关系不大。

你的模版是质粒还是genomic Dna？你换过引物，说明你也怕引物match不上，要不你试试缩短extension的时间？