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鳞翅目昆虫抗氧化酶家族相关基因怎样筛选?

相关实验:分子生物学实验

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dxy_rjmktzf5


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3 个回答

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dxyc42u

有帮助

首先你要分析已有的两个基因的同源性,并到Genebank等数据库中进行比对,确定两个基因是否具有保守结构域,如果有,你可以根据其保守结构域设计简并引物,到你的目的基因组中扩增新的基因片段。或者以两个已有基因的保守结构域为探针,采用杂交的方法(前提是你要有构建好的基因组文库)钓取含有同样保守结构域相关的基因。如果二者不具有保守结构域或者同源性不高,那么你的实验设计就不可行了。

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毛利小五郎的徒弟

有帮助

1.获取昆虫抗氧化酶家族的基因序列

将该基因转录本的ID处理,一条基因只要一个CDS。

EXCEL-->排序-->去重复-->合并1,2列(=A1&"."B1)-->结果


2.同源性筛选比对

对结果进行筛选,基于第2及第3列的%identity>75并且aligment length>相比较的两条序列(自己比自己)的75%.

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loveliufudan

有帮助

鳞翅目昆虫抗氧化酶家族相关基因的筛选可以通过以下步骤进行:

1. 基因组数据库搜索:使用已知的抗氧化酶基因序列(例如,超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化物酶(CAT)和谷胱甘肽过氧化物酶(GPx)等)进行基因组数据库搜索。这可以包括公开的昆虫基因组数据库,如NCBI的GenBank或Ensembl。

2. 同源序列比对:通过将已知的抗氧化酶基因序列与鳞翅目昆虫的基因组序列进行比对,查找与这些已知序列具有高度同源性的候选基因。可以使用比对工具如BLAST进行分析。

3. 基因表达数据分析:利用公开可获得的鳞翅目昆虫基因表达数据,如RNA测序数据或微阵列数据,分析在与氧化应激相关的条件下,哪些基因呈现显著的上调表达。这些基因可能包括抗氧化酶家族相关基因。

4. 基因功能预测和筛选:根据已获得的候选基因列表,进一步预测和筛选具有抗氧化酶功能的基因。这可以通过功能注释数据库、同源性分析、蛋白质结构预测等方法进行。

5. 实验验证:通过进一步的实验验证,例如基因表达分析(如RT-PCR、实时定量PCR)或蛋白质表达分析(如免疫印迹或免疫组织化学),确定筛选到的基因是否在鳞翅目昆虫中具有抗氧化酶活性。

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