做植物ChIP，用溶液二洗核时上清是透明的，但是沉淀还是绿油油的，感觉洗不掉，为什么？

我一开始也是这么怀疑的，因为是茶叶，叶质比较硬厚，所以宁愿损耗多一些，就用了最小孔径的细胞过滤器过滤的，希望把没磨好的组织都过滤掉。

自己配的，buffer1就是磷酸钾，NaCl，己二醇，巯基乙醇，buffer2就比buffer1多了0.5%Triton100,氯化镁

提取细胞核的过程中叶绿体洗不干净，这和转录因子没关系吧…

还没有到出染色质那一步，就是提核的过程中洗去体和叶绿素的过程，去污剂用的0.5 %triton100,刚开始还能洗下一些，后来上清已经变清澈了，但是下面沉淀依然很绿，将Triton提高到1%,也没什么改进。模样时用研磨仪磨的，之后还用46微米的细胞过滤器过滤了，理论上也不至于有大的组织块了。就是感觉洗不动了。