关于基因多态性SNP连锁不平衡问题

不一定，不需要，具体情况具体处理。

不需要，因为用GWAS做连锁不平衡就是解决基因重组或突变产生的基因间的不一致，用关联分析来发现或者解释同一条染色体上的两个等位基因非随机相关

这个不一定吧，你的分析目的是什么？确定这两个snp中只有一个是对性状真正有影响的，另外一个只是因为连锁该snp才有统计学显著意义。