1、 染色质的制备:为了获得足量的染色质,我们的样品准备一定要充足。(IP实验的损耗较大,为保证实验用量,一次准备5×10E7个以上细胞较好)
2、 优化交联固定条件:ChIP实验成功与否,直接取决于染色质完整性、抗原表位质量和抗体特异性(抗体一定买好的)。因此优化交联固定条件,富集丰度更高。
3、 优化染色质片段化条件:要得到理想的ChIP结果,合适长度和浓度的染色质样品至关重要。(推荐的片段化程度为的染色质片段在150-900bp之间)。
4、 免疫沉淀优化:在ChIP抗体富集优化实验中,使用过多或过少抗体对ChIP结果都有负面影响。