质谱中肽段匹配打分是怎么来的，代表什么

做PMF一般得分超过60分(P<0.05)就算成功鉴定，而串联质谱，得分超过60分或者虽然没有超过60分，但是有最少一条肽段的得分超过30分就算成功鉴定。

打分机制是被用来比较谱图之间相似程度的一种方法，候选肽段根据计算机给出的评分进行依次排布，打分最高的肽段序列（最匹配的）将被选来做进一步分析用。

大部分数据搜索工具可以根据肽段碎裂离子类型进行设置，例如通常说的CID碎裂产生b离子和y离子，HCD碎裂还能产生其他的a, c, x, z离子。

另外一个参数是肽段质量的计算（单一同位素质量或平均质量），质谱并不直接检测肽段的质量，而是通过检测肽段的质荷比（m/z），然后根据肽段的电荷数，计算出来肽段的质量。

肽段离子带点荷数，前面提到如果要计算出肽段质量，需要知道电荷数，大多数低分辨质谱仪器只能区分出单电荷和多电荷的带电离子，但是不能轻易的判断出多电荷离子的具体电荷数，这时需要推断其带2个电荷，3个电荷的情况（因为是胰酶酶切，所以电荷数超过3的情况不常见），搜库完成后，还要选择评分最高的作为最佳匹配肽段。

母离子质量误差，根据打分选取得分最高的肽段后，质量误差则是根据使用的质谱分析器而定，如果使用的低分辩的离子阱，那么通常质量误差在2-3Da左右，TOF为基础的质谱仪，误差在0.1Da左右，当然更精准的傅里叶转换质谱，误差在0.05Da。

酶解消化的约束，许多蛋白水解酶特定识别不同的蛋白中酶切位点，例如最常见的胰酶（Trypsin），识别精氨酸（R）和赖氨酸（K），最后所有多肽的C端都是以K或者R结尾，且肽段内部不会有K或者R残基。所有的数据库搜索软件都有酶的选择作为其中一个参数，这样可以减少搜库的时间还可以限制候选肽段中出现错误的个数。

化学和翻译后修饰，大部分软件都有此修饰选项，例如：oxidation，methylation等等，一些被称为是化学修饰，例如所有蛋白的半胱氨酸上都可以发生修饰，而只有部分氨基酸上可以发生可变修饰例如甲基化修饰（Met+16Da）

在数据库搜索方法中,实验图谱与数据库中所有可能的候选肽段之间的匹配打分(肽段匹配打分模型)是蛋白质二级质谱鉴定算法的核心。

由于串联质谱图通常带有复杂的噪声,使得目前没有任何一种数据库搜索算法可以鉴定到样品中所有的肽段序列，各种搜索算法的肽段匹配打分函数只能采用不同的方式考虑更多的串联图谱的特征和影响因素来增加肽段的鉴定量。

目前，大部分数据库搜索算法的匹配打分承数主要考虑实验图谱和理论图谱匹配峰的个数.连续匹配峰的个数,理论峰个数和预设峰强度等特征。