MS1和MS2两个谱图的区别有哪些

MS1信息的准确性，取决于很多因素，比如色谱的喷雾足够稳定、样品的纯净度高，严格控制污染等等，这些条件都满足了，才能得到比较完美的一级定量信息，这对后续的定性定量分析都会有帮助。样品的前处理和质谱的维护这两个关键的因素，一定要把握好，如果有影响，那么在后续的数据分析中，任何统计方法搜库方法都无法挽回先前的污染信息。

MS2简单讲就是将一条完整肽段送入质谱进行打碎之后得到的信息。我们的碎裂过程一般来说是从肽段的N端和C端依次碎裂，我们很少会拿到两端都碎裂的肽段，因此可以认为这样一个MS2谱图中，强度比较好的那些肽段绝大多数应该都是来自于肽段的N端或者C端的一部分序列。

同时，这样一些信号也会在类似于DIA/SWATH技术中用于定量，MS2谱图中包含b-y离子以及其信号强度，可用于蛋白定性分析。而在一些比较新的技术如DIA/SWATH中，b-y离子信息也可用于定量分子！

等级不同。一级质谱MS1为一级，二级质谱MS2为二级。

作用：一级质谱检测所有带电离子的质荷比和强度，形成一级谱图。一级质谱中的信号为母离子肽段信号。二级质谱按照一定方式选择母离子肽段，将其进一步解离，分析所形成的子离子的质荷比和强度。

显示目标不同。

一级质谱MS1主要是给出目标物的分子量，GC-MS一级谱图可以定性分析，LCMS只能用于简单的分子量测定。一级质谱有的时候受仪器的分辨率影响，给出的质荷比不能准确定性，比如相同分子量的不同分子，在仪器分辨率不够足够高的时候很难区分。

二级质谱MS2可以看出目标物的部分碎片，可以对目标物的结构进行分析。一定程度上可以降低噪音，提高信噪比，从而提高灵敏度，从而也可以节省前处理步骤，可以更好地提高结果准确度，避免假阳性或者假阴性的结果。LCMS/MS完全可以用于定性分析。